Podstawy proteomiki
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 2600-K6-PP-BIOT |
Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0512) Biochemia
|
Nazwa przedmiotu: | Podstawy proteomiki |
Jednostka: | Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
2.50
|
Język prowadzenia: | polski |
Wymagania wstępne: | biochemia, chemia ogólna, chemia organiczna |
Rodzaj przedmiotu: | przedmiot fakultatywny |
Całkowity nakład pracy studenta: | Godziny realizowane z udziałem nauczycieli- (30 godzin) : -udział w zajęciach laboratoryjnych -30 godz. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (32,5 godz.) . praca indywidualna studenta - 15 godzin - przygotowanie studenta do zajęć i zaliczenia- 17,5 godz Łącznie 62,5 godz. (2,5 ECTS) |
Efekty uczenia się - wiedza: | Student definiuje pojęcia: proteom, genom, transkryptom, elektroforeza, chromatografia. Student wymienia techniki stosowane w oczyszczaniu białek: chromatografia jonowymienna, chromatografia powinowactwa, sączenie żelowe, chromatografia oddziaływań hydrofobowych, chromatografia w odwróconym układzie faz, elektroforeza, ogniskowanie izoelektryczne, chromatofocusing. Zna typy oddziaływań pomiędzy białkami. Zna podstawowe zagadnienia z biochemii, chemii organicznej i analizy instrumentalnej. Student posiada podstawowe wiadomości dotyczące oczyszczania i charakterystyki białek. Student zna podstawowe terminy dotyczące oddziaływań białko-białko. Zna zasady przygotowania preparatu białka do analiz proteomicznej. K_W01, K_W03, K_W04, K_W05, K_W14 |
Efekty uczenia się - umiejętności: | Student: - posługuje się pojęciami z zakresu biochemii, -posiada umiejętność opisu procedury oczyszczania białek, -potrafi wykonać elektroforetyczny rozdział białek według załączonej instrukcji, -potrafi opracować i krytycznie ocenić wyniki otrzymane w toku ćwiczeń laboratoryjnych - potrafi zaprezentować referat wykorzystując literaturę podaną przez osobę prowadzącą zajęcia i wyszukaną we własnym zakresie K_U01, K_U02,K_U04, K_U05, K_U11, K_U12 |
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne: | Student: - jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych - potrafi pracować w zespole, - ma krytyczne podejście do wiadomości związanych z proteomiką przekazywanych w środkach masowego przekazu, - zna ograniczenia własnej wiedzy i umięjętności, - dba o powierzony mu sprzęt K_K02, K_K08, K_K10 |
Metody dydaktyczne: | laboratorium - samodzielna praca eksperymentalna studentów pod kierunkiem opiekuna konwersatorium - referaty przygotowane przez studentów |
Metody dydaktyczne poszukujące: | - ćwiczeniowa |
Skrócony opis: |
W ramach przedmiotu prowadzone są zajęcia: - ćwiczenia laboratoryjne: 25 godzin - konwersatorium - 5 godzin służące podsumowaniu i utrwaleniu wiedzy praktycznej. Przedmiot ma na celu zapoznanie studenta z różnorodnymi technikami elektroforetycznymi stosowanymi w analizie i identyfikacji białek. |
Pełny opis: |
Ćwiczenia laboratoryjne mają na celu uzyskanie podstawowych wiadomości dotyczących analizy i identyfikacji białek metodami elektroforetycznymi. 1. Identyfikacja izoform katalazy metodą zymografii połączonej z natywną elektroforezą w żelu poliakryloamidowym. Ilościowe oznaczanie aktywności katalazy i stężenia nadtlenku wodoru w materiale roślinnym metodą spektrofotometrii w UV 2. Zastosowanie elektroforezy Blue Native w analizie kompleksów białek surowicy krwi 3. Wyznaczanie masy cząsteczkowej białka metodą elektroforezy w warunkach denaturujących (SDS-PAGE). 4. Analiza modyfikacji potranslacyjnej białek: detekcja karbonylacji białek metodą dot-blot (immunochemiczną). Ilościowe oznaczenie produktów karbonylacji białek metodą kolorymetryczną Konwersatorium: przygotowanie i wygłoszenie referatów wspomaganych prezentacją PowerPoint na tematy: 1. Koimmunoprecypitacja, pull down assay, Far-Western- metody badań białko-białko 2. Elektroforeza dwukierunkowa w analizie profili białkowych w wybranych chorobach 3. Elektroforeza Blue Native PAGE w diagnostyce chorób mitochondrialnych 4. Ogniskowanie izoelektryczne 5. Identyfikacja sekwencji aminokwasowej białek metodą degradacji Edmana |
Literatura: |
Literatura podstawowa: 1. Kłyszejko-Stefanowicz L. "Ćwiczenia z biochemii" PWN Warszawa 2. Doonan S. "Białka i peptydy" PWN Warszawa Literatura uzupełniająca: 1. Sillbering J. (red.) Proteomika i metabolomika. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego 2. Zabel M. "Immunocytochemia" 3.Kątnik-Prastowska I. (red.) Immunochemia w biologii medycznej. Metody laboratoryjne. Wydawnictwo Naukowe PWN artykuły przeglądowe w czasopismach o zasięgu krajowym (np "Postępy Biochemii") i międzynarodowym |
Metody i kryteria oceniania: |
zaliczenie na ocenę na podstawie: - pisemnego kolokwium w formie testu wyboru (jedna odpowiedź prawidłowa spośród 4 wariantów) obejmująca wiadomości z instrukcji do ćwiczeń oraz materiał realizowany na zajęciach (proste przeliczenia stężeń) - przedstawionego referatu oraz dyskusji podczas konwersatorium Ocenę dostateczną uzyskają studenci których suma punktów stanowi- 55-60%, dostateczny plus - 61-70%, dobry - 71-80%, dobry plus 81-90%, bardzo dobry - 91-100% maksymalnej ilości punktów. K_W03, K_W04, K_U01, K_U02, K_U04 |
Praktyki zawodowe: |
brak |
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2020/21" (zakończony)
Okres: | 2020-10-01 - 2021-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Maciej Ostrowski | |
Prowadzący grup: | Anna Ciarkowska, Anna Hetmann, Maciej Ostrowski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2021/22" (zakończony)
Okres: | 2021-10-01 - 2022-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Maciej Ostrowski | |
Prowadzący grup: | Anna Hetmann, Maciej Ostrowski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2022/23" (zakończony)
Okres: | 2022-10-01 - 2023-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Maciej Ostrowski | |
Prowadzący grup: | Anna Ciarkowska, Anna Hetmann | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2023/24" (w trakcie)
Okres: | 2023-10-01 - 2024-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Maciej Ostrowski | |
Prowadzący grup: | Anna Ciarkowska, Anna Hetmann | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.