Microscopy techniques and image analyses

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	2600-MTI-ERS
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (0511) Biologia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu:	Microscopy techniques and image analyses
Jednostka:	Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	angielski
Wymagania wstępne:	(tylko po angielsku) None
Całkowity nakład pracy studenta:	(tylko po angielsku) No limit
Efekty uczenia się - wiedza:	(tylko po angielsku) Student W1: explains different microscopy techniques as a research field that looks for understanding the ultrastructural parts of biological samples W2: indicates the different microscopy and Image analysis techniques W3: explains the main contribution that microscopy and image analysis have in science
Efekty uczenia się - umiejętności:	(tylko po angielsku) Student U1: is able to use source information in English, performs analysis, synthesis, summarizes and makes a critical assessment about different Microscopy techniques and Image Analysis U2: is able to use a foreign language to communicate at a basic level U3: has ability to discuss information from various sources to analyze and identify the main characteristics of Microscopy and image analysis techniques
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:	(tylko po angielsku) Student K1: understands the need to improve the knowledge of microscopy and image analysis in science with the use of scientific books and journals in order to improve their professional skills K2: is aware of the importance of increasing his knowledge concerning novel tools used in science K3: is willing to cooperate and work in a team and follow the defined rules
Metody dydaktyczne:	(tylko po angielsku) Expository teaching methods: presentation, video / computer, pointer, banners image Stating teaching methods: - informative lecture Searching teaching methods: - discussion - presentation
Skrócony opis:	(tylko po angielsku) The goal of this subject is to provide students relevant information about different microscopy and image analysis (IA) techniques. We will first see introduction of Conventional Microscopy. Then we will go through more advanced equipment Fluorescence, Confocal Scanning Electron Microscope, Transmission Electron Microscope, Scanning Electron Microscope, Atomic Force Microscope. Regarding IA, we will see introduction, applications and main steps to analyze an image for features extraction.
Pełny opis:	(tylko po angielsku) The goal of this subject is to provide students relevant information about different microscopy and image analysis (IA) techniques. We will first see introduction of Conventional Microscopy. Then we will go through more advanced equipment Fluorescence, Confocal Scanning Electron Microscope, Transmission Electron Microscope, Scanning Electron Microscope, Atomic Force Microscope. Regarding IA, we will see introduction, applications and main steps to analyze an image for features extraction such as Image acquisition, pre-processing, processing and features extraction in ImageJ software. We will do exercises in different samples to obtain morphometry and microstructural parameters.
Literatura:	(tylko po angielsku) 1. Guo et al. 2008, Chem Phys Chem, 9, 5, 721-728, https://doi.org/10.1002/cphc.200700611 2. Mockl et al. 2014, Angewandte Chemie, 53, 51, 13972 - 13977, https://doi.org/10.1002/anie.201410265 3. https://www.microscopyu.com/techniques/fluorescence/total-internal-reflection-fluorescence-tirf-microscopy 4. P. de Boer et al., 2015, Nature Methods, 12, 503–513, https://doi.org/10.1038/nmeth.3400 5. N. Gustafsson et al., 2016, Nature Communications, 7, 12471, https://doi.org/10.1038/ncomms12471
Metody i kryteria oceniania:	(tylko po angielsku) Assessment methods: Oral presentation prepared in 5-people groups (5 slides in 5 minutes - each person one slide to present) Assessment criteria: content - 3 points (W1-W3, K2, K3, U1, U4) work in the group - 1 point (K4, U4) presentation – 1 point (U2, U3, K1) fail- 2 pts (40%) satisfactory- 3 pts (60%) satisfactory plus- 3.5 pts (70%) good - 4 pts (80%) good plus- 4.5 pts (90 %)
Praktyki zawodowe:	(tylko po angielsku) Laboratory: 1. Introduction to Microscopy and fundamentals 2. Light microscopy techniques (dark and bright field, polarization) 3. Fluorescence vs Confocal Scanning electron microscope 4. Transmission electron microscope 5. Scanning electron microscope 6. Atomic Force Microscope 7. Image Analysis and exercises applied 8. Slideshow

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.