Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu - Centralny punkt logowania
Strona główna

Algorithms on string with applications in genomics

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 0800-ALGOGEN
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Algorithms on string with applications in genomics
Jednostka: Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Wymagania wstępne:

Znajomość podstaw programowania, struktur danych.

Rodzaj przedmiotu:

przedmiot fakultatywny

Całkowity nakład pracy studenta:

Wykład: 30 h

Praca studenta (właczając projekty): 30 h

Efekty uczenia się - wiedza:

Znajomość algorytmów porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA.


W02, W03, W05

Efekty uczenia się - umiejętności:

Umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE.


U01, U02, U03

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:

Umiejętność pracy w zespole naukowym - separacji zadań.


K01

Metody dydaktyczne:

Wykład, demonstracje hands-on, projekty

Metody dydaktyczne eksponujące:

- pokaz
- symulacyjna (gier symulacyjnych)

Metody dydaktyczne podające:

- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład konwersatoryjny
- wykład problemowy

Metody dydaktyczne poszukujące:

- ćwiczeniowa
- giełda pomysłów
- oxfordzka
- seminaryjna

Skrócony opis:

Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE.

Pełny opis:

Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. Przykłady projektów to wyznaczanie markerów genomowych na podstawie wyszukiwania tandem repeats, analiza mismatches w kontekście metod opartych na transformacji Barrows-Wheeler oraz programowanie dynamiczne dla prblemu overlap matches.

Literatura:

Gusfield, Algorithms on Strings and Trees.

Metody i kryteria oceniania:

Ocena uczestnictwa z konwersatoryjnych modułach wykładu oraz ocena projektów, wlączając prezentację wyników.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.
ul. Jurija Gagarina 11, 87-100 Toruń tel: +48 56 611-40-10 https://usosweb.umk.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.2.0-1 (2024-03-12)