Algorithms on string with applications in genomics
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 0800-ALGOGEN |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Algorithms on string with applications in genomics |
Jednostka: | Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | angielski |
Wymagania wstępne: | Znajomość podstaw programowania, struktur danych. |
Rodzaj przedmiotu: | przedmiot fakultatywny |
Całkowity nakład pracy studenta: | Wykład: 30 h Praca studenta (właczając projekty): 30 h |
Efekty uczenia się - wiedza: | Znajomość algorytmów porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. W02, W03, W05 |
Efekty uczenia się - umiejętności: | Umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. U01, U02, U03 |
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne: | Umiejętność pracy w zespole naukowym - separacji zadań. K01 |
Metody dydaktyczne: | Wykład, demonstracje hands-on, projekty |
Metody dydaktyczne eksponujące: | - pokaz |
Metody dydaktyczne podające: | - wykład informacyjny (konwencjonalny) |
Metody dydaktyczne poszukujące: | - ćwiczeniowa |
Skrócony opis: |
Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. |
Pełny opis: |
Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. Przykłady projektów to wyznaczanie markerów genomowych na podstawie wyszukiwania tandem repeats, analiza mismatches w kontekście metod opartych na transformacji Barrows-Wheeler oraz programowanie dynamiczne dla prblemu overlap matches. |
Literatura: |
Gusfield, Algorithms on Strings and Trees. |
Metody i kryteria oceniania: |
Ocena uczestnictwa z konwersatoryjnych modułach wykładu oraz ocena projektów, wlączając prezentację wyników. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.