Algorithms on string with applications in genomics
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 0800-ALGOGEN | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
| Nazwa przedmiotu: | Algorithms on string with applications in genomics | ||
| Jednostka: | Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej | ||
| Grupy: |
Informatyka Stosowana s2. Przedmioty do wyboru specjalistyczne (wszystkie) |
||
| Punkty ECTS i inne: |
3.00  |
||
| Język prowadzenia: | angielski | ||
| Wymagania wstępne: | Znajomość podstaw programowania, struktur danych. |
||
| Rodzaj przedmiotu: | przedmiot fakultatywny |
||
| Całkowity nakład pracy studenta: | Wykład: 30 h Praca studenta (właczając projekty): 30 h |
||
| Efekty uczenia się - wiedza: | Znajomość algorytmów porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. W02, W03, W05 |
||
| Efekty uczenia się - umiejętności: | Umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. U01, U02, U03 |
||
| Efekty uczenia się - kompetencje społeczne: | Umiejętność pracy w zespole naukowym - separacji zadań. K01 |
||
| Metody dydaktyczne: | Wykład, demonstracje hands-on, projekty |
||
| Metody dydaktyczne eksponujące: | - pokaz |
||
| Metody dydaktyczne podające: | - wykład informacyjny (konwencjonalny) |
||
| Metody dydaktyczne poszukujące: | - ćwiczeniowa |
||
| Skrócony opis: |
Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. |
||
| Pełny opis: |
Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. Przykłady projektów to wyznaczanie markerów genomowych na podstawie wyszukiwania tandem repeats, analiza mismatches w kontekście metod opartych na transformacji Barrows-Wheeler oraz programowanie dynamiczne dla prblemu overlap matches. |
||
| Literatura: |
Gusfield, Algorithms on Strings and Trees. |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Ocena uczestnictwa z konwersatoryjnych modułach wykładu oraz ocena projektów, wlączając prezentację wyników. |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/18" (zakończony)
| Okres: | 2018-02-26 - 2018-09-30 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 30 godzin  więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Meller | |
| Prowadzący grup: | Jarosław Meller | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/19" (zakończony)
| Okres: | 2019-02-25 - 2019-09-30 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Meller | |
| Prowadzący grup: | Jarosław Meller | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (zakończony)
| Okres: | 2020-02-29 - 2020-09-20 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Meller | |
| Prowadzący grup: | (brak danych) | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (w trakcie)
| Okres: | 2021-02-22 - 2021-09-20 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Meller | |
| Prowadzący grup: | Jarosław Meller | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.