Algorithms on string with applications in genomics

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	0800-ALGOGEN
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu:	Algorithms on string with applications in genomics
Jednostka:	Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	angielski
Wymagania wstępne:	Znajomość podstaw programowania, struktur danych.
Rodzaj przedmiotu:	przedmiot fakultatywny
Całkowity nakład pracy studenta:	Wykład: 30 h Praca studenta (właczając projekty): 30 h
Efekty uczenia się - wiedza:	Znajomość algorytmów porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. W02, W03, W05
Efekty uczenia się - umiejętności:	Umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. U01, U02, U03
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:	Umiejętność pracy w zespole naukowym - separacji zadań. K01
Metody dydaktyczne:	Wykład, demonstracje hands-on, projekty
Metody dydaktyczne eksponujące:	- pokaz - symulacyjna (gier symulacyjnych)
Metody dydaktyczne podające:	- wykład informacyjny (konwencjonalny) - wykład konwersatoryjny - wykład problemowy
Metody dydaktyczne poszukujące:	- ćwiczeniowa - giełda pomysłów - oxfordzka - seminaryjna
Skrócony opis:	Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE.
Pełny opis:	Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. Przykłady projektów to wyznaczanie markerów genomowych na podstawie wyszukiwania tandem repeats, analiza mismatches w kontekście metod opartych na transformacji Barrows-Wheeler oraz programowanie dynamiczne dla prblemu overlap matches.
Literatura:	Gusfield, Algorithms on Strings and Trees.
Metody i kryteria oceniania:	Ocena uczestnictwa z konwersatoryjnych modułach wykładu oraz ocena projektów, wlączając prezentację wyników.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.