Biologiczne i medyczne bazy danych

Wiedza z zakresu szkoły średniej z Fizyki, chemii i biologii. Podstawy użytkowania systemu Linux. Dla studentów Informatyki Stosowanej podstawy programowania.

Godziny realizowane z udziałem nauczycieli ( 35 godz.):

- udział w wykładach -15 godzin

- udział w ćwiczeniach – 15 godzin

- konsultacje z nauczycielem akademickim- 5 godzina

Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta ( 40 godz.):

- przygotowanie do ćwiczeń – 15 godziny

- pisanie prac, projektów - 15 godziny

- czytanie literatury- 10 godziny

Łącznie: 75 godz. (3 ECTS)

W1 - posiada wiedzę w zakresie chemii, informatyki i biologii niezbędną do wyszukiwania informacji w bazach danych, Potrafi samodzielnie zbudować prostą bazę danych i przeszukiwać ją ( informatyka stosowana K_W01; fizyka K_W01; fizyka techniczna K_W01)

W2 - zna podstawowe prawa rządzące w biologii, biologii molekularnej, chemii; potrafi opisać podstawowe składniki materii ożywionej, oraz szukać informacji o niej w bazach danych. Potrafi znajdować informacje o lekach (informatyka stosowana K_W05, fizyka K_W05, fizyka techniczna K_W02)

W3 - rozumie rolę eksperymentu informatycznego w metodologii badań naukowych; posiada świadomość ograniczeń technicznych i technologicznych oprogramowania w przeszukiwaniu baz danych (informatyka stosowana K_W06, fizyka K_W02, fizyka techniczna K_W03)

W4 - zna podstawowe bazy danych związanych z biologią i medycyną, zna zaawansowane narzędzia do poszukiwania informacji ważnych w biologii chemii i medycynie (informatyka stosowana K_W01, fizyka techniczna K_W07)

W5 - posiada wiedzę pozwalającą w ponadpodstawowy sposób pracować samodzielnie, jak i w grupie, pełniąc różnego typu role zawodowe (informatyka stosowana K_W04)

W6 - posiada szczegółową wiedzę związaną ze studiowaną specjalnością (informatyka stosowana, Fizyka techniczna K_W06)

W7 - ma pogłębioną wiedzę z matematyki przydatną do zaawansowanych aspektów bioinformatyki (informatyka stosowana i fizyka techniczna K_W01)

U1 - efektywnie umie szukać niezbędnych informacji do rozwiązywania problemóU1 - efektywnie umie szukać niezbędnych informacji do rozwiązywania problemów informatycznych, posiada umiejętność saU1 - efektywnie umie szukać niezbędnych informacji do rozwiązywania problemów informatycznych, posiada umiejętność samodzielnego wyszukiwania i wykorzystywania informacji z zakresu informatyki i powiązanych dziedzin (np, bioinformatyka, biologiczne i megyczne bazy danych) (informatyka stosowana, fizyka techniczna K_U01)

U2 - posiada rozszerzone umiejętności samodzielnej pracy, potrafi określić niezbędny zakres wiedzy, jaki trzeba zdobyć, by zrealizować określony projekt informatyczny, posiada umiejętność zdobywania wiedzy/douczania się, rozwijania swojej wiedzy, wykorzystuje przy tym różnorodne techniki dostępu do informacji (informatyka stosowana KU_04 oraz K_U05, Fizyka techniczna K_U09)

U3 - potrafi zaprojektować rozszerzenia lub ulepszenia do projektów informatycznych, zwiększyć efektywność, stosując bardziej zaawansowane algorytmy, bądź zmienić technologie urządzeń infrastruktury informatycznej (informatyka stosowana K_U07)

U4 - posiada umiejętność wykorzystywania zasobów programistycznych i baz danych związanych ze studiowaniem specjalności (informatyka stosowana K_U09)

U5 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych związanych z tworzeniem i użytkowaniem biologicznych i medycznych baz danych (informatyka stosowana K_U11)

U6 – Potrafi przedstawić w formie pisemnej lub ustnej uzyskane wyniki z przeszukiwań baz danych, potrafi prowadzić debatę ze specjalistami. (Fizyka techniczna K_U07)

modzielnego wyszukiwania i wykorzystywania informacji z zakresu informatyki i powiązanych dziedzin (np, bioinformatyka, biologiczne i megyczne bazy danych) (informatyka stosowana, fizyka techniczna K_U01)

U2 - posiada rozszerzone umiejętności samodzielnej pracy, potrafi określić niezbędny zakres wiedzy, jaki trzeba zdobyć, by zrealizować określony projekt informatyczny, posiada umiejętność zdobywania wiedzy/douczania się, rozwijania swojej wiedzy, wykorzystuje przy tym różnorodne techniki dostępu do informacji (informatyka stosowana KU_04 oraz K_U05, Fizyka techniczna K_U09)

U5 - potrafi zaprojektować rozszerzenia lub ulepszenia do projektów informatycznych, zwiększyć efektywność, stosując bardziej zaawansowane algorytmy, bądź zmienić technologie urządzeń infrastruktury informatycznej (informatyka stosowana K_U07)

U6 - posiada umiejętność wykorzystywania zasobów programistycznych i baz danych związanych ze studiowaniem specjalności (informatyka stosowana K_U09)

U7 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych związanych z tworzeniem i użytkowaniem biologicznych i medycznych baz danych (informatyka stosowana K_U11)

U8 – Potrafi przedstawić w formie pisemnej lub ustnej uzyskane wyniki z przeszukiwań baz danych, potrafi prowadzić debatę ze specjalistami. (Fizyka techniczna K_U07)

w informatycznych, posiada umiejętność samodzielnego wyszukiwania i wykorzystywania informacji z zakresu informatyki i powiązanych dziedzin (np, bioinformatyka) (informatyka stosowana K_U01)

U2 - posiada rozszerzone umiejętności samodzielnej pracy, potrafi określić niezbędny zakres wiedzy, jaki trzeba zdobyć, by zrealizować określony projekt informatyczny, posiada umiejętność zdobywania wiedzy/douczania się, rozwijania swojej wiedzy, wykorzystuje przy tym różnorodne techniki dostępu do informacji (informatyka stosowana K_U03)

U5 - potrafi zaprojektować rozszerzenia lub ulepszenia do projektów informatycznych, zwiększyć efektywność, stosując bardziej zaawansowane algorytmy, bądź zmienić technologie urządzeń infrastruktury informatycznej (informatyka stosowana K_U07)

U6 - posiada umiejętność wykorzystywania zasobów programistycznych i baz danych związanych ze studiowaniem specjalności (informatyka stosowana K_U09)

U7 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych (informatyka stosowana K_U17)

U8 - potrafi planować i przeprowadzać proste eksperymenty, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski (informatyka stosowana K_U04, fizyka techniczna K_U03, fizyka K_U03)

K1 - rozumie potrzebę ciągłego dokształcania powodowanego pojawianiem się nowych osiągnięć, nowych technologii, etc. rozumie potrzebę wymiany informacji w grupach osób zajmujących się informatyką, rozumie możliwości jakie daje edukacja akademicka, Potrafi krytycznie oceniać posiadaną wiedzę (informatyka stosowana K_K01, fizyka K_K01, fizyka techniczna K_K01)

K2 - ma świadomość skutków wadliwie działających systemów informatycznych takich jak budowane przez studenta bazy danych i narzędzia wyszukiwania w bazach danych, które mogą doprowadzić do strat moralnych i finansowych, a nawet utraty zdrowia czy zagrożenia życia (informatyka stosowana K_K02)

K3 - potrafi wykazać się skutecznością w realizacji projektów o charakterze społecznym, naukowo-badawczym z zakresu analizy biologicznych i medycznych baz danych, wchodzących w program studiów lub realizowanych poza studiami (informatyka stosowana K_K05, fizyka K_K03 )

K4 - potrafi przekazać informację o osiągnięciach informatyki i różnych aspektach zawodu informatyka w sposób powszechnie zrozumiały (informatyka stosowana K_U06)

K5 – rozumie potrzebę popularyzacji informacji o biologicznych i medycznych bazach danych. (fizyka techniczna K_K03)

- opis
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład konwersatoryjny

- ćwiczeniowa
- laboratoryjna

Celem zajęć jest przybliżenie studentom zagadnień związanych z przeszukiwaniem i łączeniem ze sobą informacji z internetowych baz danych biologicznych i medycznych, takich jak bazy danych sekwencji genomowych i białkowych, baza danych struktur białkowych, baza danych chorób i lekarstw.

Celem zajęć jest przybliżenie studentom zagadnień związanych z przeszukiwaniem i łączeniem ze sobą informacji z internetowych baz danych biologicznych i medycznych, takich jak bazy danych sekwencji genomowych i białkowych, baza danych struktur białkowych, baza danych chorób i lekarstw. W trakcie zajęć studenci dowiedzą się nie tylko jak zbudowana jest typowa baza danych, ale też poznają mechanizmy przeszukiwania sekwencyjnych baz danych, a w przypadku studentów informatyki stosowanej nauczą się programować narzędzia do przeszukiwania baz danych. Studenci dowiedzą się w jaki sposób łączyć ze sobą informacje z różnych baz danych, tak aby wyciągnąć porządane wnioski

"Blast" I. Korf, M. Yandell J. Bedell wyd. O'REILLY 2003

"Bioinformatyka" A. Baxevanisa B. Ouellette'a, wyd. PWN Warszawa 2004

"Bioinformatyka i ewolucja molekularna" P. Higgs, T. Attwood, wyd. PWN Warszawa 2011

Zaliczenie zajęć (na ocenę) odbywać się będzie na podstawie obecności oraz projektów zaliczeniowych sprawdzających wiedzę i umiejętności opracowywanych w grupach lub indywidualnie (W1, W2, W3, W4, W5, W6, W7 ,U1, U2, U3, U4, U5, U6, U7, U8, K2, K3, K4).