Elementy bioinformatyki

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	0800-ELBIOINF
Kod Erasmus / ISCED:	(brak danych) / (0530) Nauki fizyczne nieokreślone dalej Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu:	Elementy bioinformatyki
Jednostka:	Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	(brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta. zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia:	polski
Całkowity nakład pracy studenta:	Poprzez wykłady, ćwiczenia oraz krótkie projekty, studenci opanują umiejętności manipulowania sekwencjami i danymi genomicznymi z użyciem narzędzi bioinformatycznych: przedmiot podzielony jest na 20 godzin wykładu/ćwiczeń i 10 godzin poświęconych krótkim projektom. - godziny realizowane z udziałem nauczycieli: 30h (wykład 20h + projekty 10h) - dodatkowe 30h ćwiczen w ramach powiązanego z wykładem przedmiotu Elementy Bioinformatyki - LAB odbędą się w kolejnym semestrze - czas poświęcony na pracę indywidualną potrzebny do pomyślnego zaliczenia przedmiotu: 30h - czasy wymagany do przygotowania się i uczestnictwa w procesie oceniania: 10 h - czas wymagany do odbycia obowiązkowych praktyk: 0 h
Efekty uczenia się - wiedza:	Studenci uzyskają ogólną wiedzę na temat podstawowych zagadnień i problemów bioinformatyki oraz pogłębioną wiedzę bioinformatycznych zagadnień sekwencjonowania genomów, algorytmów porównywania i analizy sekwencji, oraz analizy ekspresji genów. W1 - posiada wiedzę z zakresu podstawowych zagadnień i problemów bioinformatyki, ma uporządkowaną, podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną w zakresie algorytmów analizy selwencji, (informatyka_stosowana: K_W01) W2 - ma wiedzę na temat podejść i narzędzi do analizy danych genomicznych (informatyka stosowana: K_W04)
Efekty uczenia się - umiejętności:	Studenci opanują umiejętności manipulowania sekwencjami i danymi genomicznymi z użyciem narzędzi bioinformatycznych i platform do analizy danych genomicznych, z włączeniem cBioPortal, GenomicsPortals, R oraz Galaxy. U1 - potrafi wykorzystać nabytą wiedzę matematyczną i informatyczną do opisu procesów, tworzenia modeli, zapisu algorytmów bioinformatycznych, potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań informatycznych metody analityczne (informatyka stosowana: K_U01) U2 - potrafi pozyskiwać informacje z literatury, baz danych oraz innych źródeł, integrować je, dokonywać ich interpretacji oraz wyciągać wnioski i formułować opinie, ma umiejętność samokształcenia (informatyka stosowana: K_U02) U3 - posługuje się językiem angielskim w stopniu pozwalającym na porozumienie się, przeczytanie ze zrozumieniem tekstów i opisów metod bioinformatyki (informatyka stosowana: K_U03) U4 - ma umiejętność formułowania algorytmów analizy sekwencji biologicznych i ich programowania z użyciem wybranych narzędzi programistycznych (informatyka stosowana: K_U06)
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:	W czasie wykonywania projektów, nacisk kładziony będzie na pracę w grupach.
Metody dydaktyczne:	Wykłady z elementami demonstracji narzędzi bioinformatycznych, zajęcia i projekty w grupach, projekty indywidualne z elementami programowania.
Metody dydaktyczne eksponujące:	- pokaz - symulacyjna (gier symulacyjnych)
Metody dydaktyczne podające:	- opis - wykład informacyjny (konwencjonalny) - wykład konwersatoryjny - wykład problemowy
Metody dydaktyczne poszukujące:	- ćwiczeniowa - giełda pomysłów - klasyczna metoda problemowa - projektu
Skrócony opis:	Wykład dotyczy podstawowych zagadnień i problemów bioinformatyki oraz pogłębioną wiedzę bioinformatycznych zagadnień sekwencjonowania genomów, algorytmów porównywania i analizy sekwencji, oraz analizy ekspresji genów.
Pełny opis:	Studenci uzyskają ogólną wiedzę na temat podstawowych zagadnień i problemów bioinformatyki oraz pogłębioną wiedzę bioinformatycznych zagadnień sekwencjonowania genomów, algorytmów porównywania i analizy sekwencji, oraz analizy ekspresji genów. Studenci opanują umiejętności manipulowania sekwencjami i danymi genomicznymi z użyciem narzędzi bioinformatycznych i platform do analizy danych genomicznych, z włączeniem cBioPortal, GenomicsPortals, R oraz Galaxy. Wykłady połaczony będzie z elementami demonstracji narzędzi bioinformatycznych, zajęcia i projekty w grupach, projekty indywidualne z elementami programowania.
Literatura:	Pevzner and Jones, An Introduction to Bioinformatics Algorithms
Metody i kryteria oceniania:	Zaliczenie wykładu odbędzie się na podstawie egzaminu pisemnego oraz oceny wykonanych krótkich projektów: Egzamin końcowy - 80% Krótkie projekty - 20% Egzamin sprawdza osiągnięcie efektów W1, W2, Projekty – U1, U2, U3, U4
Praktyki zawodowe:	Nie dotyczy.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.