Genomika i metagenomika medyczna

Wiedza podstawowa z następujących dziedzin:

biologia ogólna

biologia molekularna

matematyka

informatyka

inżynieria genetyczna

przedmiot fakultatywny

1. Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi:

wykłady: 10 h

seminaria: 10 h

konsultacje związane z przygotowaniem do seminariów: 2 h

przeprowadzenie kolokwium zaliczeniowego: 1 h

Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi 23h, co odpowiada 1,6 punktom ECTS

2. Bilans nakładu pracy studenta:

wykłady: 10 h

seminaria: 10 h

przygotowanie do seminariów: 30h

czytanie literatury fachowej: 25h

konsultacje:2h

przygotowanie do zaliczenia i zaliczenie: 7h + 1 h = 8h

Łączny nakład pracy studenta wynosi 75h, co odpowiada 3 punktom ECTS

3. Nakład pracy studenta związany z prowadzonymi badaniami naukowymi:

czytanie literatury fachowej: 25h

konsultacje badawczo-naukowe: 2h

udział w wykładach (z uwzględnieniem metodologii badań naukowych, wyników badań, opracowań): 10h

udział w seminariach objętych aktywnością naukową

(z uwzględnieniem metodologii badań naukowych, wyników badań, opracowań): 10h

przygotowanie do seminariów objętych aktywnością naukową: 9h

przygotowanie do kolokwium w zakresie aspektów badawczo -naukowych dla danego przedmiotu: 5h godzin

Łączny nakład pracy studenta związany z prowadzonymi badaniami naukowymi wynosi 51 godziny, co odpowiada 2.04 punkta ECTS

4. Czas wymagany do przygotowania się i do uczestnictwa w procesie oceniania:

przygotowanie do zaliczenia + zaliczenie: 7 + 1 = 8h (0,32 punktu ECTS)

Łączny nakład pracy studenta związany z przygotowaniem się do uczestnictwa w procesie oceniania wynosi 8 godzin, co odpowiada 0,32 punktom ECTS

5. Bilans nakładu pracy studenta o charakterze praktycznym:

Nie dotyczy

6. Czas wymagany do odbycia obowiązkowej praktyki:

Nie dotyczy

W_1: Posiada aktualną wiedzę o osiągnięciach naukowych w zakresie genomiki i metagenomiki – (K_W01)

W_2: Zna i rozumie metody badawcze stosowane w badaniach genomowych i metagenomowych – (K_W06)

W_3: Zna metody statystyczne stosowane w analizie wyników badań genomowych i metagenomowych oraz potrafi zinterpretować wyniki uzyskane tymi metodami – (K_W09)

W_4: Potrafi korzystać z genomowych baz danych oraz baz literatury naukowej poświęconych tematyce badań genomowych – (K_W12)

U_1: Potrafi korzystać z literatury naukowej z zakresu genomiki – (K_U01)

U_2: Potrafi ocenić wiarygodność danych genomowych w kontekście eksperymentu, w którym zostały pozyskane oraz innych danych z podobnych eksperymentów – (K_U02)

U_3: Potrafi przygotować prezentację przekazującą wiedzę o badaniach z zakresu genomiki i metagenomiki – (K_U08, K_U09, K_U10)

K_1: Rozumie potrzebę zdobywania aktualnych informacji z dziedziny badań nad genomami i metagenomami – (K_K03)

K_2: Rozumie ograniczenia swojej wiedzy w zakresie genomiki i metagenomiki oraz potrafi korzystać z wiedzy specjalistów w tej dziedzinie – (K_K04)

K_3: Potrafi wskazać zagrożenia wynikające z badań w zakresie genomiki i metagenomiki oraz wskazać sposoby zapobiegania ich wystąpieniu – (K_K09)

- wykład informacyjny (konwencjonalny)

- seminarium

- klasyczna metoda problemowa - projektu- pogadanka

- prezentacja multimedialna.

- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład problemowy

- seminaryjna

- metody służące prezentacji treści
- metody wymiany i dyskusji

Rosnące zasoby danych genomowych i metagenomowych dają nowe możliwości poznawania, predykcji, prewencji i leczenia różnego rodzaju schorzeń. Celem wykładu jest zapoznanie studentów z najnowszymi osiągnięciami na tym polu.

W ostatnich latach zbiory danych molekularnych pozyskiwanych w toku badań eksperymentalnych rozszerzają się w postępie geometrycznym. Dane takie jak sekwencje genów i (coraz częściej) całych genomów, sekwencje białek, struktury 3D peptydów, informacje o ekspresji poszczególnych genów i całych grup, zarówno na poziomie RNA (transkryptomy) jak i białek (proteomy) jak również ogromna ilość informacji dodatkowych (modyfikacje epigenetyczne, potranslacyjne, interakcje między makromolekułami itp.) zbierane są w licznych bazach danych. Dostępność wspomnianych informacji zależy nie tylko od dostępności samych baz ale również od kompetencji ich użytkownika.

Celem przedmiotu jest przedstawienie Studentom najnowszych informacji z literatury naukowej związanych z wykorzystaniem informacji genomowych i metagenomowych w badaniach klinicznych oraz aplikacji tej wiedzy na polu szeroko pojętej medycyny. W szczególności zostaną omówione szczegółowe przykłady zastosowań wiedzy genomowej w badaniach nad chorobami cywilizacyjnymi, nowotworami, depresją czy autyzmem. Omówiona zostanie również rola informacji genomowej w pozyskiwaniu nowych leków i opracowywaniu nowatorskich sposobów terapii.

Literatura podstawowa:

Treść wykładu

Literatura uzupełniająca:

Brown T. A., Genomes 3. BIOS Scientific Publisher, 2006.

Alberts B. et al., Molecular biology of the cell. 5th ed., Garland Publishing 2008.

Strachan W., Human molecular genetics 4th ed. BIOS Scientific Publisher, 2010.

Griffiths A. J. F., Gelbart W. M., Lewontin R. C., , Wessler S.R., Suzuki D. T., Miller J. H. Introduction to genetic analysis 10th edition. W. H. Freeman & Co. 2010.

Singleton P., Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa 2000.

Korf B. R., Genetyka człowieka: rozwiązywanie problemów medycznych. PWN, Warszawa 2003.

Węgleński P., Genetyka molekularna. PWN, Warszawa 2008.

Słomski R. Analiza DNA. Teoria i praktyka. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2008.

Drewa G., Ferenc T., Genetyka medyczna, Elsevier Urban & Partner, Wrocław 2011.

Forma i warunki zaliczenia przedmiotu:

Warunkiem zaliczenia przedmiotu jest uzyskanie pozytywnej oceny z zaliczenia końcowego. – W_1, W_2, W_3, W_4, U_1, U_2, U_3, K_1, K_2 i K_3

Forma i warunki zaliczenia końcowego:

Oceny z seminariów przygotowywanych przez studentów.

Kolokwium zaliczeniowe.

Skala ocen: 2-5 gdzie 2 jest oceną negatywną.

Ocena końcowa stanowi średnią ocen z egzaminu końcowego i ćwiczeń, przy czym pozytywna ocena z ćwiczeń warunkuje dopuszczenie do egzaminu. Warunkiem zaliczenia przedmiotu jest uzyskanie pozytywnej oceny z egzaminu.

W ramach przedmiotu nie są prowadzone praktyki zawodowe.