Genomika i bazy danych w biologii molekularnej
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1600-Biot11GBDB-2 | Kod Erasmus / ISCED: |
13.0
 /
(0512) Biochemia
|
| Nazwa przedmiotu: | Genomika i bazy danych w biologii molekularnej | ||
| Jednostka: | Katedra Medycyny Sądowej | ||
| Grupy: |
Przedmioty obowiązkowe dla 1 semestru 1 roku NW2 kierunku biotechnologia |
||
| Punkty ECTS i inne: |
4.00 |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Wymagania wstępne: | Wiedza podstawowa z następujących dziedzin: - biologia ogólna - biologia molekularna - matematyka - informatyka - inżynieria genetyczna |
||
| Rodzaj przedmiotu: | przedmiot obowiązkowy |
||
| Całkowity nakład pracy studenta: | Uczestnictwo w wykładach: 15h Uczestnictwo w ćwiczeniach: 30h Całkowity czas, który student musi poświęcić, aby zaliczyć zarówno wykład jak i zajęcia laboratoryjne a przede wszystkim osiągnąć zamierzone efekty kształcenia wynosi ok. 110 godz. Nakład pracy studenta przedstawia się następująco: 1. godziny realizowane z udziałem nauczycieli akademickich to 45 godz. 2. średni czas niezbędny do przygotowania się do zajęć oraz poświęcony na prowadzenie badań własnych w ramach tematów zadanych na ćwiczeniach: 45h, 3. średni czas niezbędny do napisania pracy egzaminacyjnej: 20h. |
||
| Efekty uczenia się - wiedza: | K_W02: ma uporządkowaną wiedzę w zakresie toksykologii genetycznej i zjawisk epigenetycznych K_W03: rozumie i definiuje podstawowe pojęcia i zagadnienia oraz perspektywy terapii genowej, komórkowej i immunoterapii K_W04: rozumie związek między onkogenezą, a nowoczesnymi metodami leczenia nowotworów K_W05: rozumie potrzebę stosowania nowoczesnych technik i produktów biotechnologicznych w postępowaniu klinicznym K_W06: ma podstawową wiedzę w zakresie stosowania nowoczesnych biotechnologii w rutynowej diagnostyce laboratoryjnej i rozumie ich przydatność kliniczną K_W07: ma uporządkowaną i podbudowaną teoretycznie wiedzę w zakresie projektowania eksperymentów K_W10: rozumie znaczenie powiązań studiowanego kierunku studiów z kierunkami biomedycznymi i kierunkami nauk ścisłych K_W14: rozumie znaczenie komercjalizacji osiągnięć badawczych i marketingu usług badawczych |
||
| Efekty uczenia się - umiejętności: | K_U02: potrafi stosować w praktyce zaawansowane techniki diagnostyki molekularnej opartej na analizie kwasów nukleinowych i białek K_U05: potrafi pozyskać informacje naukowe wykorzystując zaawansowane bazy danych, w tym bazy danych rejestrujące badania przedkliniczne i kliniczne K_U06: biegle wykorzystuje pozyskane informacje naukowe, potrafi je integrować, dokonywać krytycznej interpretacji, a także wyciągać wnioski i stawiać hipotezy robocze K_U09: czyta ze zrozumieniem skomplikowane teksty naukowe w języku angielskim K_U12: potrafi odróżnić pracę przeglądową od metaanalizy, badanie prospektywne od retrospektywnego, randomizowane od obserwacyjnego, zaślepione, podwójnie i potrójnie zaślepione |
||
| Efekty uczenia się - kompetencje społeczne: | K_K01: ma świadomość poziomu swojej wiedzy i umiejętności, rozumie potrzebę ciągłego dokształcania się zawodowego i rozwoju osobistego K_K02: prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu biotechnologa K_K03: jest świadomy istnienia etycznego wymiaru w badaniach naukowych K_K07: jest przygotowany do podjęcia studiów trzeciego stopnia |
||
| Metody dydaktyczne: | Wykłady, ćwiczenia, praca własna, pisanie pracy przeglądowej |
||
| Metody dydaktyczne podające: | - pogadanka |
||
| Metody dydaktyczne poszukujące: | - ćwiczeniowa |
||
| Skrócony opis: |
W trakcie realizacji przedmiotu studenci zapoznawani są z zagadnieniami generowania, gromadzenia, przechowywania i udostępniania danych biologicznych, takich jak sekwencje makromolekuł, dane strukturalne, ekspresyjne, epigenetyczne, metagenomowe itp. W trakcie ćwiczeń studenci mają możliwość samodzielnej realizacji zadań związanych z wyszukiwaniem, interpretacją i kompilowaniem informacji pochodzących z różnych źródeł. |
||
| Pełny opis: |
W ostatnich latach zbiory danych molekularnych pozyskiwanych w toku badań eksperymentalnych rozszerzają się w postępie geometrycznym. Dane takie jak sekwencje genów i (coraz częściej) całych genomów, sekwencje białek, struktury 3D peptydów, informacje o ekspresji poszczególnych genów i całych grup, zarówno na poziomie RNA (transkryptomy) jak i białek (proteomy) jak również ogromna ilość informacji dodatkowych (modyfikacje epigenetyczne, potranslacyjne, interakcje między makromolekułami itp.) zbierane są w licznych bazach danych. Dostępność wspomnianych informacji zależy nie tylko od dostępności samych baz ale również od kompetencji ich użytkownika. Celem przedmioty jest wprowadzenie Studentów w tematykę korzystania z baz danych jako źródeł wiedzy o funkcjonowaniu żywych organizmów i ekosystemów na różnych poziomach organizacji. W trakcie zajęć poruszane są zarówno kwestie natury teoretycznej (znaczenie danych), technicznej (metody pozyskiwania i przechowywania danych) jak i praktycznej (korzystanie z zebranych danych). Studenci mają również możliwość nabycia praktycznych umiejętności korzystania z różnych źródeł danych biologicznych i łączenia pozyskanych informacji w celu budowania zintegrowanej wiedzy o wybranych zagadnieniach. |
||
| Literatura: |
- Brown T. A., Genomes 3. BIOS Scientific Publisher, 2006. - Alberts B. et al., Molecular biology of the cell. 5th ed., Garland Publishing 2008. - Strachan W., Human molecular genetics 4th ed. BIOS Scientific Publisher, 2010. - Griffiths A. J. F., Gelbart W. M., Lewontin R. C., , Wessler S.R., Suzuki D. T., Miller J. H. Introduction to genetic analysis 10th edition. W. H. Freeman & Co. 2010. - Singleton P., Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa 2000. - Korf B. R., Genetyka człowieka: rozwiązywanie problemów medycznych. PWN, Warszawa 2003. - Węgleński P., Genetyka molekularna. PWN, Warszawa 2008. - Słomski R. Analiza DNA. Teoria i praktyka. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2008. - Drewa G., Ferenc T., Genetyka medyczna, Elsevier Urban & Partner, Wrocław 2011. |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Egzamin pisemny w formie pracy zaliczeniowej Praca oceniana jest w dwóch kategoriach: zawartość merytoryczna (waga oceny 0.6) i strona edycyjna (waga oceny: 0.4). Skala ocen: 2-5. Ocena końcowa jest wypadkową obu ocen cząstkowych, z uwzględnieniem wag. Ponadto oceniana jest aktywność na ćwiczeniach |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/18" (zakończony)
| Okres: | 2017-10-01 - 2018-02-25 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 30 godzin  więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Marcin Woźniak | |
| Prowadzący grup: | Marta Gorzkiewicz, Tomasz Grzybowski, Urszula Rogalla-Ładniak, Marcin Woźniak | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/19" (zakończony)
| Okres: | 2018-10-01 - 2019-02-24 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 30 godzin więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Marcin Woźniak | |
| Prowadzący grup: | Marta Gorzkiewicz, Anna Radziszewska, Marcin Woźniak | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.