Zajęcia fakultatywne: Jakościowe i ilościowe zależności struktura-aktywność – (Q)SAR
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1710-A-ZF73-SJ |
Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0914) Diagnostyka medyczna i techniki terapeutyczne
|
Nazwa przedmiotu: | Zajęcia fakultatywne: Jakościowe i ilościowe zależności struktura-aktywność – (Q)SAR |
Jednostka: | Katedra Chemii Nieorganicznej i Analitycznej |
Grupy: |
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 1 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 2 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 3 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 4 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 5 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 1 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 2 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 3 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 4 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 5 roku SJ na kierunku Analityka Medyczna |
Punkty ECTS i inne: |
1.00
|
Język prowadzenia: | polski |
Wymagania wstępne: | Znajomość podstawowych pojęć z zakresu chemii analitycznej, technik instrumentalnych, chemometrii. |
Rodzaj przedmiotu: | przedmiot fakultatywny |
Całkowity nakład pracy studenta: | Godziny realizowane z udziałem nauczyciela (godz.): - udział w wykładach - 15 - konsultacje z nauczycielem akademickim - 2 Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (godz.): - czytanie literatury - 4 - opracowanie publikacji - 4 Łącznie: 25 godz. (1 ECTS) |
Efekty uczenia się - wiedza: | W1: Zna definicję jakościowych i ilościowych zależności struktura-aktywność – (Q)SAR W2: Opisuje zasady tworzenia modelu QSAR W3: Zna źródła i rodzaje deskryptorów W4: Charakteryzuje parametry służące do walidacji modeli QSAR i QSPR W5: Opisuje wady i zalety modelowania zależności struktura-aktywność |
Efekty uczenia się - umiejętności: | U1: Wykorzystuje poznane techniki analityczne i chemometryczne w kontekście zastosowania w analizie QSAR U2: Analizuje i interpretuje przykładowe modele U3: Umie krytycznie porównać modele QSAR |
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne: | K1: Ma świadomość znaczenia modeli QSAR w ocenie toksyczności substancji i procesie projektowania leków K2: Potrafi aktywnie uczestniczyć w dyskusji |
Metody dydaktyczne: | wykład informacyjny (konwencjonalny) prezentacja multimedialna dyskusja |
Metody dydaktyczne podające: | - wykład informacyjny (konwencjonalny) |
Skrócony opis: |
Modele SAR i QSAR to teoretyczne zależności, których celem jest jakościowe lub ilościowe przewidywanie właściwości biologicznych (w tym toksyczności/ekotoksyczności) związków na podstawie znajomości ich struktury. SAR to zależność jakościowa, opisująca związek pomiędzy strukturą substancji a obecnością lub brakiem określonej aktywności. Z kolei analiza QSAR polega na znalezieniu funkcji opisującej zmiany aktywności biologicznej związków w zależności od parametrów ilościowych. Celem tego wykładu jest zapoznanie studentów z ideą analizy (Q)SAR, jej wykorzystaniem i znaczeniem w procesie projektowania nowych leków, a także przewidywaniu toksyczności związków i ich losów w organizmie oraz środowisku. |
Pełny opis: |
Modele SAR i QSAR to teoretyczne zależności, których celem jest jakościowe lub ilościowe przewidywanie właściwości biologicznych (w tym toksyczności/ekotoksyczności) związków na podstawie znajomości ich struktury. W analizie QSAR oprócz eksperymentalnie wyznaczonych parametrów fizykochemicznych wykorzystuje się szereg deskryptorów obliczonych na podstawie struktury. Konstrukcja modelu QSAR może być przeprowadzona z wykorzystaniem różnych metod statystycznych czy chemometrycznych, które można podzielić na regresyjne, klasyfikacyjne oraz tzw. metod inteligencji obliczeniowej (np. sieci neuronowe). Aby modele QSAR umożliwiały wiarygodne przewidywanie obecności lub braku określonej aktywności lub informacji ilościowej o aktywności nowych związków muszą zostać poddane odpowiedniej walidacji i ocenie. Nie mniej ważne jest określenie zakresu stosowalności modelu przez wyznaczenie tzw. dziedziny modelu. W ramach wykładu zostaną także omówione „dobre praktyki” w modelowaniu QSAR, zastosowanie modeli w chemii medycznej do identyfikacji struktur wiodących przy projektowaniu nowych leków, w przewidywaniu toksyczności. Tematy: 1. Wprowadzenie - definicje, terminologia, charakterystyka ogólna badania zależności ilościowych (QSAR) i zależności jakościowych (SAR). Klasyczne podejście do analizy QSAR. 2. Deskryptory stosowane w analizie QSAR – rodzaje, metody wyznaczania/obliczania. Rola deskryptorów molekularnych. Znaczenie interpretowalności stosowanych deskryptorów. 3. Metody statystyczne/chemometryczne wykorzystywane do budowy modeli QSAR; modele QSAR do celów klasyfikacyjnych; ocena modeli 4. Wyzwania towarzyszące tworzeniu modelu QSAR; określenie zakresu stosowalności modelu; walidacja modelu – odpowiednia/ nieodpowiednia ocena statystyczna; 5. Zastosowanie analizy QSAR w przewidywaniu toksyczności – omówienie przykładów. 6. Zastosowanie modeli QSAR jako narzędzia wspomagającego decyzje organów regulacyjnych; wytyczne OECD; projekt REACH |
Literatura: |
1. materiały i publikacje naukowe wskazane przez prowadzącego 2. Puzyn T., Leszczynski J., Cronin M. T. (Eds.) Recent Advances in QSAR Studies – methods and applications, Sprinder 2010 3.Roy K.; Kar S.; Das R. N. Understanding the basics of QSAR for application in pharmaceutical sciences and risk assessment, Academic Press, 2015 |
Metody i kryteria oceniania: |
Metody oceniania: aktywność w dyskusji na zajęciach, pisemne opracowanie publikacji naukowej na zadany temat Kryteria oceniania: zaliczenie na ocenę na podstawie obecności, aktywności na zajęciach i pisemnego opracowania 1 publikacji na zadany temat ndst - <30 pkt (<60%) dst- 30 pkt (60%) dst plus- 34 pkt (68%) db- 38 pkt (76%) db plus- 42 pkt (84%) bdb- >45 pkt (>90%) |
Praktyki zawodowe: |
nie dotyczy |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (zakończony)
Okres: | 2021-10-01 - 2022-02-20 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Bogumiła Kupcewicz | |
Prowadzący grup: | (brak danych) | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/22" (zakończony)
Okres: | 2022-02-21 - 2022-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Bogumiła Kupcewicz | |
Prowadzący grup: | (brak danych) | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.