Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu - Centralny punkt logowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Zajęcia fakultatywne: Jakościowe i ilościowe zależności struktura-aktywność – (Q)SAR

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1710-F-ZF101-J Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0916) Farmacja
Nazwa przedmiotu: Zajęcia fakultatywne: Jakościowe i ilościowe zależności struktura-aktywność – (Q)SAR
Jednostka: Katedra i Zakład Chemii Nieorganicznej i Analitycznej
Grupy: Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 2 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 2 roku SJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 3 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 3 roku SJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 4 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 4 roku SJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 5 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 1 semestru 5 roku SJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 2 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 2 roku SJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 3 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 3 roku SJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 4 roku NJ na kierunku Farmacja
Przedmioty fakultatywne dla 2 semestru 4 roku SJ na kierunku Farmacja
Punkty ECTS i inne: 0 LUB 1.00 (w zależności od programu)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

Znajomość podstawowych pojęć z zakresu chemii analitycznej, technik instrumentalnych, chemometrii

Rodzaj przedmiotu:

przedmiot fakultatywny

Całkowity nakład pracy studenta:

Godziny realizowane z udziałem nauczyciela( godz.):

- udział w wykładach - 15

- konsultacje z nauczycielem akademickim - 2


Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta ( godz.):

- czytanie literatury - 4

- opracowanie publikacji - 4


Łącznie: 25 godz. (1 ECTS)


Efekty uczenia się - wiedza:

W1: Zna definicję jakościowych i ilościowych zależności struktura-aktywność – (Q)SAR

W2: Opisuje zasady tworzenia modelu QSAR

W3: Zna źródła i rodzaje deskryptorów

W4: Charakteryzuje parametry służące do walidacji modeli QSAR

i QSPR

W5: Opisuje wady i zalety modelowania zależności struktura-aktywność

Efekty uczenia się - umiejętności:

U1: Wykorzystuje poznane techniki analityczne i chemometryczne

w kontekście zastosowania w analizie QSAR

U2: Analizuje i interpretuje przykładowe modele

U3: Umie krytycznie porównać modele QSAR


Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:

K1: Ma świadomość znaczenia modeli QSAR w ocenie toksyczności substancji i procesie projektowania leków

K2: Potrafi aktywnie uczestniczyć w dyskusji

Metody dydaktyczne:

wykład informacyjny (konwencjonalny)

prezentacja multimedialna

dyskusja

Metody dydaktyczne podające:

- wykład informacyjny (konwencjonalny)

Skrócony opis:

Modele SAR i QSAR to teoretyczne zależności, których celem jest jakościowe lub ilościowe przewidywanie właściwości biologicznych (w tym toksyczności/ekotoksyczności) związków na podstawie znajomości ich struktury. SAR to zależność jakościowa, opisująca związek pomiędzy strukturą substancji a obecnością lub brakiem określonej aktywności. Z kolei analiza QSAR polega na znalezieniu funkcji opisującej zmiany aktywności biologicznej związków w zależności od parametrów ilościowych. Celem tego wykładu jest zapoznanie studentów z ideą analizy (Q)SAR, jej wykorzystaniem i znaczeniem w procesie projektowania nowych leków, a także przewidywaniu toksyczności związków i ich losów w organizmie oraz środowisku.

Pełny opis:

Modele SAR i QSAR to teoretyczne zależności, których celem jest jakościowe lub ilościowe przewidywanie właściwości biologicznych (w tym toksyczności/ekotoksyczności) związków na podstawie znajomości ich struktury. W analizie QSAR oprócz eksperymentalnie wyznaczonych parametrów fizykochemicznych wykorzystuje się szereg deskryptorów obliczonych na podstawie struktury. Konstrukcja modelu QSAR może być przeprowadzona z wykorzystaniem różnych metod statystycznych czy chemometrycznych, które można podzielić na regresyjne, klasyfikacyjne oraz tzw. metod inteligencji obliczeniowej (np. sieci neuronowe). Aby modele QSAR umożliwiały wiarygodne przewidywanie obecności lub braku określonej aktywności lub informacji ilościowej o aktywności nowych związków muszą zostać poddane odpowiedniej walidacji i ocenie. Nie mniej ważne jest określenie zakresu stosowalności modelu przez wyznaczenie tzw. dziedziny modelu.

W ramach wykładu zostaną także omówione „dobre praktyki” w modelowaniu QSAR, zastosowanie modeli w chemii medycznej do identyfikacji struktur wiodących przy projektowaniu nowych leków, w przewidywaniu toksyczności.

Zakres tematów:

1. Wprowadzenie - definicje, terminologia, charakterystyka ogólna badania zależności ilościowych (QSAR) i zależności jakościowych (SAR). Klasyczne podejście do analizy QSAR.

2. Deskryptory stosowane w analizie QSAR – rodzaje, metody wyznaczania/obliczania. Rola deskryptorów molekularnych. Znaczenie interpretowalności stosowanych deskryptorów.

3. Metody statystyczne/chemometryczne wykorzystywane do budowy modeli QSAR; modele QSAR do celów klasyfikacyjnych; ocena modeli

4. Wyzwania towarzyszące tworzeniu modelu QSAR; określenie zakresu stosowalności modelu; walidacja modelu – odpowiednia/ nieodpowiednia ocena statystyczna;

5. Zastosowanie analizy QSAR w przewidywaniu toksyczności – omówienie przykładów.

6. Zastosowanie modeli QSAR jako narzędzia wspomagającego decyzje organów regulacyjnych; wytyczne OECD; projekt REACH

Literatura:

1. materiały i publikacje naukowe wskazane przez prowadzącego

2. Puzyn T., Leszczynski J., Cronin M. T. (Eds.) Recent Advances in QSAR Studies – methods and applications, Sprinder 2010

3.Roy K.; Kar S.; Das R. N. Understanding the basics of QSAR for application in pharmaceutical sciences and risk assessment, Academic Press, 2015

Metody i kryteria oceniania:

Metody oceniania: aktywność w dyskusji na zajęciach, pisemne opracowanie publikacji naukowej na zadany temat

Kryteria oceniania: zaliczenie na ocenę na podstawie obecności, aktywności na zajęciach i pisemnego opracowania 1 publikacji na zadany temat

ndst - <30 pkt (<60%)

dst- 30 pkt (60%)

dst plus- 34 pkt (68%)

db- 38 pkt (76%)

db plus- 42 pkt (84%)

bdb- >45 pkt (>90%)

Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/18" (zakończony)

Okres: 2017-10-01 - 2018-02-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/18" (zakończony)

Okres: 2018-02-26 - 2018-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/19" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/19" (zakończony)

Okres: 2019-02-25 - 2019-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/20" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-02-28
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (zakończony)

Okres: 2020-02-29 - 2020-09-20
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (w trakcie)

Okres: 2020-10-01 - 2021-02-21
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2021-02-22 - 2021-09-20
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogumiła Kupcewicz
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.