Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu - Centralny punkt logowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Metody analizy niskocząsteczkowych kwasów nukleinowych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 2600-DM-MKN-1-S2 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Metody analizy niskocząsteczkowych kwasów nukleinowych
Jednostka: Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych
Grupy: Przedmioty z polskim językiem wykładowym
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

Student ma podstawową wiedzę z zakresu biologii komórki, biochemii i genetyki.

Rodzaj przedmiotu:

przedmiot obowiązkowy

Całkowity nakład pracy studenta:

Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (26 godz.):

- udział w wykładach - 8

- udział w ćwiczeniach laboratoryjnych - 18


Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (44 godz.):

- przygotowanie do ćwiczeń - 20

- przygotowanie do kolokwiów - 20

- konsultacje i praca z nauczycielem akademickim - 4


Łącznie: 70 godz. (3 ECTS)


Efekty uczenia się - wiedza:

W1 ma pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w celach diagnostycznych i badawczych - K_W01

W2: posiada wiedzę z zakresu markerów molekularnych oraz ich wykorzystania do celów diagnostycznych i badawczych - K_W04

W3: zna metody analizy struktury i funkcji komórek oraz badania struktury i aktywności biomolekuł (DNA, RNA i białek) - K_W06

W4 ma pogłębioną wiedzę z dyscyplin kierunkowych umożliwiającą pracę badawczą i działania praktyczne w zakresie diagnostyki molekularnej - K_W19


Efekty uczenia się - umiejętności:

U1: wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł (sond molekularnych, przeciwciał, enzymów, rekombinowanych kwasów nukleinowych i białek), w tym cząsteczek chimerowych, do przeprowadzenia analiz diagnostycznych i procesu badawczego - K_U04

U2: proponuje i stosuje właściwe metody identyfikacji biomolekuł oraz techniki badania ich struktury i aktywności - K_U05

U3 potrafi wykorzystać wiedzę dotyczącą możliwości i ograniczeń technik stosowanych w diagnostyce molekularnej - K_U11

U4 posługuje się specjalistyczną terminologią oraz nomenklaturą biologiczną i terminami specjalistycznymi z zakresu biologii molekularnej, biotechnologii, genetyki i inżynierii genetycznej, mikrobiologii i biochemii - K_U13


Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:

K1: jest odpowiedzialny i zdeterminowany w dążeniu do celu przestrzegając odpowiednich zasad, norm i procedur - K_K02

K2: potrafi pracować w zespole, zarówno kierując i koordynując działania zespołu, jak i wykonując powierzone zadania - K_K09

K3: krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania

działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy - K_K10


Metody dydaktyczne:

Metody dydaktyczne podające:

- wykład informacyjny z prezentacjami multimedialnymi


Metody dydaktyczne poszukujące:

- ćwiczenia laboratoryjne: wstęp teoretyczny - prezentacja multimedialna, dyskusja. Cześć praktyczna - wykonywanie zadań zgodnie z instrukcją ćwiczeń w 2-4 osobowych zespołach (zależnie od tematu ćwiczeń), niekiedy pokaz dla całej grupy. Doświadczenia wykonywane przez studentów będą nadzorowane przez osobę prowadzącą zajęcia. Ze względu na bezpieczeństwo i higienę pracy (m.in. szkodliwe odczynniki chemiczne) oraz aparaturę badawczą, konieczne jest prowadzenie zajęć w grupach 8-12 osobowych. Ponadto ograniczona ilość osób w grupach warunkuje możliwość pełnego korzystania przez studentów z laboratorium oraz specjalistycznego sprzętu.


Metody dydaktyczne eksponujące:

- pokaz

Metody dydaktyczne podające:

- opis
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład problemowy

Metody dydaktyczne poszukujące:

- ćwiczeniowa
- doświadczeń
- laboratoryjna
- obserwacji
- projektu
- referatu

Skrócony opis:

Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z rodzajami, biogenezą, technikami analizy niskocząsteczkowego RNA oraz jego wykorzystaniem jako cząsteczki markerowej w diagnostyce molekularnej.

Pełny opis:

Treści programowe wykładów będą dotyczyć: dróg biogenezy miRNA, siRNA, tasiRNA i piRNA ze szczelnym uwzględnieniem różnic w tych procesach u roślin i zwierząt; metod analizy niskocząteczkowych RNA takich jak ocena jakości wyizolowanego RNA, ilościowy PCR, RIP (RNA immunopercipitation), sekwencjonowania mikrotrnaskryptomu, technik in situ stosowanych do analizy miRNA. Ponadto poruszone zostaną zagadnienia dotyczące niskocząsteczkowego RNA jako cząsteczki markerowej w: procesie patogenezy, odpowiedzi roślin i zwierząt na stresy biotyczne i abiotyczne oraz poszczególnych etapach rozwoju organizmu.

Na zajęciach laboratoryjnych student pozna techniki: izolacji niskocząsteczkowych RNA, elektroforezy w żelu poliakrylamidowym, odwrotnej transkrypcji, rekcji PCR pri-miRNA i dojrzałych miRNA, analizy wewnątrzkomórkowej krótkich RNA i elementów jego biogenezy. Na zajęciach student zapozna się z możliwością zastosowania mutantów funkcyjnych oraz zwierających geny fuzyjne z białkami fluorescencyjnymi w celu badania biogenezy oraz poziomu ekspresji miRNA.

Literatura:

1. Allison LA. Podstawy biologii molekularnej. Wydawnictwo Uniwersytetu warszawskiego, 2009;

2. Paddison PJ. Vogt PK. RNA Interference. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2008;

3. Dalmay T. MicroRNAs in Development. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2011;

Metody i kryteria oceniania:

Metoda oceniania:

Zaliczenie na ocenę (test końcowy) - K_W01, K_W04, K_W06, K_W19, aktywność w trakcie zajęć - K_K02, K_K09, K_K03

Kryteria oceniania:

- co najmniej 80% frekwencja na zajęciach

- wymagany próg (zaliczenie końcowe):

60% - dostateczny

61-68% - dostateczny plus

69-76% - dobry

77-84% - dobry plus

85-100% - bardzo dobry

Praktyki zawodowe:

Nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/19" (zakończony)

Okres: 2019-02-25 - 2019-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 18 godzin więcej informacji
Wykład, 8 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Janusz Niedojadło
Prowadzący grup: Janusz Niedojadło, Katarzyna Niedojadło
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (w trakcie)

Okres: 2020-02-29 - 2020-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 18 godzin więcej informacji
Wykład, 8 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Janusz Niedojadło
Prowadzący grup: Janusz Niedojadło, Katarzyna Niedojadło
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2021-03-01 - 2021-09-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 18 godzin więcej informacji
Wykład, 8 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Janusz Niedojadło
Prowadzący grup: Janusz Niedojadło, Katarzyna Niedojadło
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.