Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu - Centralny punkt logowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Metody wysokoprzepustowe

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 2600-DM-MW-2-S2 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Metody wysokoprzepustowe
Jednostka: Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 2.00
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

znajomość biochemii, chemii układów oksydoredukcyjnych i genetyki

Rodzaj przedmiotu:

przedmiot obowiązkowy

Całkowity nakład pracy studenta:

1.Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (8 godz.):

- udział w wykładach – 8 h

Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (42 godz.):

2. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta:

- przygotowanie do zajęć, uzupełnienie notatek, zapoznanie się z literaturą przedmiotu – 25 godz

- praca własna studenta - 17 godz


Łącznie 50 godz. (2 ECTS)



Efekty uczenia się - wiedza:

W 01, ma pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w celach diagnostycznych i badawczych

W 07, ma pogłębioną wiedzę o możliwościach i zastosowaniach bioinformatyki w diagnostyce i biologii molekularnej

W 12, zna możliwości i ograniczenia dotyczące zastosowania technik biologii molekularnej, biologii komórki, biochemicznych, analitycznych i bioinformatycznych na potrzeby diagnostyki molekularnej

W 21, definiuje zadanie lub problem badawczy w zakresie swojej specjalności i dobiera właściwe metody/procedury do ich rozwiązania


Efekty uczenia się - umiejętności:

U 04, wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł (sond molekularnych, przeciwciał, enzymów, rekombinowanych kwasów nukleinowych i białek), w tym cząsteczek chimerowych, do przeprowadzenia analiz diagnostycznych i procesu badawczego

U 12, potrafi wybrać i zastosować odpowiednie metody diagnostyczne i analityczne w określonym typie analizy oraz zinterpretować otrzymane wyniki

U 13, posługuje się specjalistyczną terminologią oraz nomenklaturą biologiczną i terminami specjalistycznymi z zakresu biologii molekularnej, biotechnologii, genetyki i inżynierii genetycznej, mikrobiologii i biochemii

U 14, potrafi sporządzać i prezentować referaty, raporty, dokumentację eksperymentów/analiz i ekspertyz posługując się poprawną terminologią naukową i specjalistyczną

U 19, charakteryzuje poszczególne etapy procedur oraz wykonuje je w trakcie analiz biochemicznych, instrumentalnych i bioinformatycznych


Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:

K 05, ma świadomość ograniczeń, ale i nieustannego poszerzania się stanu wiedzy i rozwoju techniki; rozumie potrzebę kształcenia przez całe życie

K 10, krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy


Metody dydaktyczne:

Wykład, prezentacje programu Power Point, Wykład online

Metody dydaktyczne podające:

- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład problemowy

Metody dydaktyczne w kształceniu online:

- metody rozwijające refleksyjne myślenie
- metody służące prezentacji treści
- metody wymiany i dyskusji

Skrócony opis:

Celem zajęć jest zdobycie przez studentów wiedzy tzw. „omikach” tzn. metodach analizy genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu.

Pełny opis:

Wykłady obejmują zarys zagadnień z zakresu tzw. Biologii systemów i opis metod stosowanych w tej dziedzinie badań biologicznych, tj. profilowania genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu komórek organizmów żywych. Przedstawione zostaną metody planowania eksperymentów z wykorzystaniem technik ukierunkowanych na kompleksowe identyfikowanie genów, transkryptów, białek i metabolitów obecnych w badanym materiale biologicznym. Omówione zostaną metody generowania bibliotek amplikonowych, metagenonowych i transkryptomowych, metody ich sekwencjonowania z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji oraz analizy danych sekwencyjnych. W dalszej kolejności zostaną metody przygotowywania ekstraktów białkowych na potrzeby analiz proteomicznych. Przedstawione zostanie wykorzystanie w tym celu elektroforezy dwukierunkowej białek w żelach poliakrylamidowych oraz zastosowane takich technika jak elektroforeza kapilarna, ogniskowanie izoelektryczne czy metody chromatograficzne, m.in.: wysokosprawna chromatografia cieczowa, chromatografia kolumnowa czy chromatografia powinowactwa. Kolejno omówione zostanie istota spektrometrii mas, metody jonizacji i detekcji jonów oraz analiza masy i sekwencji białek przy użyciu technik spektrometrii mas. Cykl wykładów zamknie omówienie technik stosowanych w całościowej analizie metabolitów w układach biologicznych. Tu przedstawione zostanie wykorzystanie takich metod jak magnetyczny rezonans jądrowy, spektroskopia w podczerwieni z transformacją Fouriera oraz spektrometria mas. Zreferowane zostaną techniczne aspekty wykorzystania technik chromatograficznych na potrzeby metabolomiki.

Literatura:

T. A. Brown. Genomy. PWN, Warszawa 2009

Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN 2008

Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, WUW 2009

Proteomika, Monografia Wydziału Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Wydawnictwo EJB, Kraków, 2004

Proteomika i metabolomika, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2010.

Metody i kryteria oceniania:

Kolokwium, test online

Praktyki zawodowe:

nie przewiduje się

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (zakończony)

Okres: 2020-02-29 - 2020-09-20
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 8 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Jarosław Tyburski
Prowadzący grup: Jarosław Tyburski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2021-02-22 - 2021-09-20
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 8 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Jarosław Tyburski
Prowadzący grup: Jarosław Tyburski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.