Metody wysokoprzepustowe
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 2600-DM-MW-2-S2 | Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0511) Biologia
 |
| Nazwa przedmiotu: | Metody wysokoprzepustowe | ||
| Jednostka: | Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych | ||
| Grupy: | |||
| Punkty ECTS i inne: |
2.00 |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Wymagania wstępne: | znajomość biochemii, chemii układów oksydoredukcyjnych i genetyki |
||
| Rodzaj przedmiotu: | przedmiot obowiązkowy |
||
| Całkowity nakład pracy studenta: | 1.Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (8 godz.): - udział w wykładach – 8 h Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (42 godz.): 2. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta: - przygotowanie do zajęć, uzupełnienie notatek, zapoznanie się z literaturą przedmiotu – 25 godz - praca własna studenta - 17 godz Łącznie 50 godz. (2 ECTS) |
||
| Efekty uczenia się - wiedza: | W 01, ma pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w celach diagnostycznych i badawczych W 07, ma pogłębioną wiedzę o możliwościach i zastosowaniach bioinformatyki w diagnostyce i biologii molekularnej W 12, zna możliwości i ograniczenia dotyczące zastosowania technik biologii molekularnej, biologii komórki, biochemicznych, analitycznych i bioinformatycznych na potrzeby diagnostyki molekularnej W 21, definiuje zadanie lub problem badawczy w zakresie swojej specjalności i dobiera właściwe metody/procedury do ich rozwiązania |
||
| Efekty uczenia się - umiejętności: | U 04, wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł (sond molekularnych, przeciwciał, enzymów, rekombinowanych kwasów nukleinowych i białek), w tym cząsteczek chimerowych, do przeprowadzenia analiz diagnostycznych i procesu badawczego U 12, potrafi wybrać i zastosować odpowiednie metody diagnostyczne i analityczne w określonym typie analizy oraz zinterpretować otrzymane wyniki U 13, posługuje się specjalistyczną terminologią oraz nomenklaturą biologiczną i terminami specjalistycznymi z zakresu biologii molekularnej, biotechnologii, genetyki i inżynierii genetycznej, mikrobiologii i biochemii U 14, potrafi sporządzać i prezentować referaty, raporty, dokumentację eksperymentów/analiz i ekspertyz posługując się poprawną terminologią naukową i specjalistyczną U 19, charakteryzuje poszczególne etapy procedur oraz wykonuje je w trakcie analiz biochemicznych, instrumentalnych i bioinformatycznych |
||
| Efekty uczenia się - kompetencje społeczne: | K 05, ma świadomość ograniczeń, ale i nieustannego poszerzania się stanu wiedzy i rozwoju techniki; rozumie potrzebę kształcenia przez całe życie K 10, krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy |
||
| Metody dydaktyczne: | Wykład, prezentacje programu Power Point, Wykład online |
||
| Metody dydaktyczne podające: | - wykład informacyjny (konwencjonalny) |
||
| Metody dydaktyczne w kształceniu online: | - metody rozwijające refleksyjne myślenie |
||
| Skrócony opis: |
Celem zajęć jest zdobycie przez studentów wiedzy tzw. „omikach” tzn. metodach analizy genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu. |
||
| Pełny opis: |
Wykłady obejmują zarys zagadnień z zakresu tzw. Biologii systemów i opis metod stosowanych w tej dziedzinie badań biologicznych, tj. profilowania genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu komórek organizmów żywych. Przedstawione zostaną metody planowania eksperymentów z wykorzystaniem technik ukierunkowanych na kompleksowe identyfikowanie genów, transkryptów, białek i metabolitów obecnych w badanym materiale biologicznym. Omówione zostaną metody generowania bibliotek amplikonowych, metagenonowych i transkryptomowych, metody ich sekwencjonowania z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji oraz analizy danych sekwencyjnych. W dalszej kolejności zostaną metody przygotowywania ekstraktów białkowych na potrzeby analiz proteomicznych. Przedstawione zostanie wykorzystanie w tym celu elektroforezy dwukierunkowej białek w żelach poliakrylamidowych oraz zastosowane takich technika jak elektroforeza kapilarna, ogniskowanie izoelektryczne czy metody chromatograficzne, m.in.: wysokosprawna chromatografia cieczowa, chromatografia kolumnowa czy chromatografia powinowactwa. Kolejno omówione zostanie istota spektrometrii mas, metody jonizacji i detekcji jonów oraz analiza masy i sekwencji białek przy użyciu technik spektrometrii mas. Cykl wykładów zamknie omówienie technik stosowanych w całościowej analizie metabolitów w układach biologicznych. Tu przedstawione zostanie wykorzystanie takich metod jak magnetyczny rezonans jądrowy, spektroskopia w podczerwieni z transformacją Fouriera oraz spektrometria mas. Zreferowane zostaną techniczne aspekty wykorzystania technik chromatograficznych na potrzeby metabolomiki. |
||
| Literatura: |
T. A. Brown. Genomy. PWN, Warszawa 2009 Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN 2008 Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, WUW 2009 Proteomika, Monografia Wydziału Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Wydawnictwo EJB, Kraków, 2004 Proteomika i metabolomika, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2010. |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Kolokwium, test online |
||
| Praktyki zawodowe: |
nie przewiduje się |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (zakończony)
| Okres: | 2020-02-29 - 2020-09-20 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 8 godzin  więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Tyburski | |
| Prowadzący grup: | Jarosław Tyburski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (zakończony)
| Okres: | 2021-02-22 - 2021-09-20 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 8 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Tyburski | |
| Prowadzący grup: | Jarosław Tyburski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/22" (jeszcze nie rozpoczęty)
| Okres: | 2022-02-21 - 2022-09-30 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Wykład, 8 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Jarosław Tyburski | |
| Prowadzący grup: | Jarosław Tyburski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.