Nicolaus Copernicus University in Torun - Central Authentication Service
Strona główna

High throughput methods

General data

Course ID: 2600-DM-MW-2-S2
Erasmus code / ISCED: (unknown) / (0511) Biology The ISCED (International Standard Classification of Education) code has been designed by UNESCO.
Course title: High throughput methods
Name in Polish: Metody wysokoprzepustowe
Organizational unit: Faculty of Biological and Veterinary Sciences
Course groups:
ECTS credit allocation (and other scores): 2.00 Basic information on ECTS credits allocation principles:
  • the annual hourly workload of the student’s work required to achieve the expected learning outcomes for a given stage is 1500-1800h, corresponding to 60 ECTS;
  • the student’s weekly hourly workload is 45 h;
  • 1 ECTS point corresponds to 25-30 hours of student work needed to achieve the assumed learning outcomes;
  • weekly student workload necessary to achieve the assumed learning outcomes allows to obtain 1.5 ECTS;
  • work required to pass the course, which has been assigned 3 ECTS, constitutes 10% of the semester student load.
Language: Polish
Prerequisites:

(in Polish) znajomość biochemii, chemii układów oksydoredukcyjnych i genetyki

Type of course:

compulsory course

Total student workload:

(in Polish) 1.Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (8 godz.):

- udział w wykładach – 8 h

Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (42 godz.):

2. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta:

- przygotowanie do zajęć, uzupełnienie notatek, zapoznanie się z literaturą przedmiotu – 25 godz

- praca własna studenta - 17 godz


Łącznie 50 godz. (2 ECTS)



Learning outcomes - knowledge:

(in Polish) W 01, ma pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w celach diagnostycznych i badawczych

W 07, ma pogłębioną wiedzę o możliwościach i zastosowaniach bioinformatyki w diagnostyce i biologii molekularnej

W 12, zna możliwości i ograniczenia dotyczące zastosowania technik biologii molekularnej, biologii komórki, biochemicznych, analitycznych i bioinformatycznych na potrzeby diagnostyki molekularnej

W 21, definiuje zadanie lub problem badawczy w zakresie swojej specjalności i dobiera właściwe metody/procedury do ich rozwiązania


Learning outcomes - skills:

(in Polish) U 04, wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł (sond molekularnych, przeciwciał, enzymów, rekombinowanych kwasów nukleinowych i białek), w tym cząsteczek chimerowych, do przeprowadzenia analiz diagnostycznych i procesu badawczego

U 12, potrafi wybrać i zastosować odpowiednie metody diagnostyczne i analityczne w określonym typie analizy oraz zinterpretować otrzymane wyniki

U 13, posługuje się specjalistyczną terminologią oraz nomenklaturą biologiczną i terminami specjalistycznymi z zakresu biologii molekularnej, biotechnologii, genetyki i inżynierii genetycznej, mikrobiologii i biochemii

U 14, potrafi sporządzać i prezentować referaty, raporty, dokumentację eksperymentów/analiz i ekspertyz posługując się poprawną terminologią naukową i specjalistyczną

U 19, charakteryzuje poszczególne etapy procedur oraz wykonuje je w trakcie analiz biochemicznych, instrumentalnych i bioinformatycznych


Learning outcomes - social competencies:

(in Polish) K 05, ma świadomość ograniczeń, ale i nieustannego poszerzania się stanu wiedzy i rozwoju techniki; rozumie potrzebę kształcenia przez całe życie

K 10, krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy


Teaching methods:

(in Polish) Wykład, prezentacje programu Power Point, Wykład online

Expository teaching methods:

- informative (conventional) lecture
- problem-based lecture

Online teaching methods:

- content-presentation-oriented methods
- exchange and discussion methods
- methods developing reflexive thinking

Short description: (in Polish)

Celem zajęć jest zdobycie przez studentów wiedzy tzw. „omikach” tzn. metodach analizy genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu.

Full description: (in Polish)

Wykłady obejmują zarys zagadnień z zakresu tzw. Biologii systemów i opis metod stosowanych w tej dziedzinie badań biologicznych, tj. profilowania genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu komórek organizmów żywych. Przedstawione zostaną metody planowania eksperymentów z wykorzystaniem technik ukierunkowanych na kompleksowe identyfikowanie genów, transkryptów, białek i metabolitów obecnych w badanym materiale biologicznym. Omówione zostaną metody generowania bibliotek amplikonowych, metagenonowych i transkryptomowych, metody ich sekwencjonowania z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji oraz analizy danych sekwencyjnych. W dalszej kolejności zostaną metody przygotowywania ekstraktów białkowych na potrzeby analiz proteomicznych. Przedstawione zostanie wykorzystanie w tym celu elektroforezy dwukierunkowej białek w żelach poliakrylamidowych oraz zastosowane takich technika jak elektroforeza kapilarna, ogniskowanie izoelektryczne czy metody chromatograficzne, m.in.: wysokosprawna chromatografia cieczowa, chromatografia kolumnowa czy chromatografia powinowactwa. Kolejno omówione zostanie istota spektrometrii mas, metody jonizacji i detekcji jonów oraz analiza masy i sekwencji białek przy użyciu technik spektrometrii mas. Cykl wykładów zamknie omówienie technik stosowanych w całościowej analizie metabolitów w układach biologicznych. Tu przedstawione zostanie wykorzystanie takich metod jak magnetyczny rezonans jądrowy, spektroskopia w podczerwieni z transformacją Fouriera oraz spektrometria mas. Zreferowane zostaną techniczne aspekty wykorzystania technik chromatograficznych na potrzeby metabolomiki.

Bibliography: (in Polish)

T. A. Brown. Genomy. PWN, Warszawa 2009

Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN 2008

Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, WUW 2009

Proteomika, Monografia Wydziału Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Wydawnictwo EJB, Kraków, 2004

Proteomika i metabolomika, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2010.

Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

Kolokwium, test online

Internships: (in Polish)

nie przewiduje się

Classes in period "Summer semester 2022/23" (past)

Time span: 2023-02-20 - 2023-09-30
Selected timetable range:
Go to timetable
Type of class:
Lecture, 8 hours more information
Coordinators: Jarosław Tyburski
Group instructors: Jarosław Tyburski
Students list: (inaccessible to you)
Credit: Grading

Classes in period "Summer semester 2023/24" (past)

Time span: 2024-02-20 - 2024-09-30
Selected timetable range:
Go to timetable
Type of class:
Lecture, 8 hours more information
Coordinators: Jarosław Tyburski
Group instructors: Jarosław Tyburski
Students list: (inaccessible to you)
Credit: Grading

Classes in period "Summer semester 2024/25" (in progress)

Time span: 2025-02-24 - 2025-09-20
Selected timetable range:
Go to timetable
Type of class:
Lecture, 8 hours more information
Coordinators: Jarosław Tyburski
Group instructors: Jarosław Tyburski
Students list: (inaccessible to you)
Credit: Grading

Classes in period "Summer semester 2025/26" (future)

Time span: 2026-02-23 - 2026-09-20
Selected timetable range:
Go to timetable
Type of class:
Lecture, 8 hours more information
Coordinators: Jarosław Tyburski
Group instructors: Jarosław Tyburski
Students list: (inaccessible to you)
Credit: Grading
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by Nicolaus Copernicus University in Torun.
ul. Jurija Gagarina 11, 87-100 Toruń tel: +48 56 611-40-10 https://usosweb.umk.pl/ contact accessibility statement site map USOSweb 7.1.1.0-7 (2025-03-24)