High throughput methods
General data
Course ID: | 2600-DM-MW-2-S2 |
Erasmus code / ISCED: |
(unknown)
/
(0511) Biology
|
Course title: | High throughput methods |
Name in Polish: | Metody wysokoprzepustowe |
Organizational unit: | Faculty of Biological and Veterinary Sciences |
Course groups: | |
ECTS credit allocation (and other scores): |
2.00
|
Language: | Polish |
Prerequisites: | (in Polish) znajomość biochemii, chemii układów oksydoredukcyjnych i genetyki |
Type of course: | compulsory course |
Total student workload: | (in Polish) 1.Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (8 godz.): - udział w wykładach – 8 h Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (42 godz.): 2. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta: - przygotowanie do zajęć, uzupełnienie notatek, zapoznanie się z literaturą przedmiotu – 25 godz - praca własna studenta - 17 godz Łącznie 50 godz. (2 ECTS) |
Learning outcomes - knowledge: | (in Polish) W 01, ma pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w celach diagnostycznych i badawczych W 07, ma pogłębioną wiedzę o możliwościach i zastosowaniach bioinformatyki w diagnostyce i biologii molekularnej W 12, zna możliwości i ograniczenia dotyczące zastosowania technik biologii molekularnej, biologii komórki, biochemicznych, analitycznych i bioinformatycznych na potrzeby diagnostyki molekularnej W 21, definiuje zadanie lub problem badawczy w zakresie swojej specjalności i dobiera właściwe metody/procedury do ich rozwiązania |
Learning outcomes - skills: | (in Polish) U 04, wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł (sond molekularnych, przeciwciał, enzymów, rekombinowanych kwasów nukleinowych i białek), w tym cząsteczek chimerowych, do przeprowadzenia analiz diagnostycznych i procesu badawczego U 12, potrafi wybrać i zastosować odpowiednie metody diagnostyczne i analityczne w określonym typie analizy oraz zinterpretować otrzymane wyniki U 13, posługuje się specjalistyczną terminologią oraz nomenklaturą biologiczną i terminami specjalistycznymi z zakresu biologii molekularnej, biotechnologii, genetyki i inżynierii genetycznej, mikrobiologii i biochemii U 14, potrafi sporządzać i prezentować referaty, raporty, dokumentację eksperymentów/analiz i ekspertyz posługując się poprawną terminologią naukową i specjalistyczną U 19, charakteryzuje poszczególne etapy procedur oraz wykonuje je w trakcie analiz biochemicznych, instrumentalnych i bioinformatycznych |
Learning outcomes - social competencies: | (in Polish) K 05, ma świadomość ograniczeń, ale i nieustannego poszerzania się stanu wiedzy i rozwoju techniki; rozumie potrzebę kształcenia przez całe życie K 10, krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy |
Teaching methods: | (in Polish) Wykład, prezentacje programu Power Point, Wykład online |
Expository teaching methods: | - informative (conventional) lecture |
Online teaching methods: | - content-presentation-oriented methods |
Short description: |
(in Polish) Celem zajęć jest zdobycie przez studentów wiedzy tzw. „omikach” tzn. metodach analizy genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu. |
Full description: |
(in Polish) Wykłady obejmują zarys zagadnień z zakresu tzw. Biologii systemów i opis metod stosowanych w tej dziedzinie badań biologicznych, tj. profilowania genomu, transkryptomu, proteomu i metabolomu komórek organizmów żywych. Przedstawione zostaną metody planowania eksperymentów z wykorzystaniem technik ukierunkowanych na kompleksowe identyfikowanie genów, transkryptów, białek i metabolitów obecnych w badanym materiale biologicznym. Omówione zostaną metody generowania bibliotek amplikonowych, metagenonowych i transkryptomowych, metody ich sekwencjonowania z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji oraz analizy danych sekwencyjnych. W dalszej kolejności zostaną metody przygotowywania ekstraktów białkowych na potrzeby analiz proteomicznych. Przedstawione zostanie wykorzystanie w tym celu elektroforezy dwukierunkowej białek w żelach poliakrylamidowych oraz zastosowane takich technika jak elektroforeza kapilarna, ogniskowanie izoelektryczne czy metody chromatograficzne, m.in.: wysokosprawna chromatografia cieczowa, chromatografia kolumnowa czy chromatografia powinowactwa. Kolejno omówione zostanie istota spektrometrii mas, metody jonizacji i detekcji jonów oraz analiza masy i sekwencji białek przy użyciu technik spektrometrii mas. Cykl wykładów zamknie omówienie technik stosowanych w całościowej analizie metabolitów w układach biologicznych. Tu przedstawione zostanie wykorzystanie takich metod jak magnetyczny rezonans jądrowy, spektroskopia w podczerwieni z transformacją Fouriera oraz spektrometria mas. Zreferowane zostaną techniczne aspekty wykorzystania technik chromatograficznych na potrzeby metabolomiki. |
Bibliography: |
(in Polish) T. A. Brown. Genomy. PWN, Warszawa 2009 Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN 2008 Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, WUW 2009 Proteomika, Monografia Wydziału Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego, Wydawnictwo EJB, Kraków, 2004 Proteomika i metabolomika, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2010. |
Assessment methods and assessment criteria: |
(in Polish) Kolokwium, test online |
Internships: |
(in Polish) nie przewiduje się |
Classes in period "Summer semester 2022/23" (past)
Time span: | 2023-02-20 - 2023-09-30 |
Go to timetable
MO TU WYK
W TH FR |
Type of class: |
Lecture, 8 hours
|
|
Coordinators: | Jarosław Tyburski | |
Group instructors: | Jarosław Tyburski | |
Students list: | (inaccessible to you) | |
Credit: | Grading |
Classes in period "Summer semester 2023/24" (past)
Time span: | 2024-02-20 - 2024-09-30 |
Go to timetable
MO TU WYK
WYK
W TH FR |
Type of class: |
Lecture, 8 hours
|
|
Coordinators: | Jarosław Tyburski | |
Group instructors: | Jarosław Tyburski | |
Students list: | (inaccessible to you) | |
Credit: | Grading |
Classes in period "Summer semester 2024/25" (in progress)
Time span: | 2025-02-24 - 2025-09-20 |
Go to timetable
MO TU WYK
W TH FR |
Type of class: |
Lecture, 8 hours
|
|
Coordinators: | Jarosław Tyburski | |
Group instructors: | Jarosław Tyburski | |
Students list: | (inaccessible to you) | |
Credit: | Grading |
Classes in period "Summer semester 2025/26" (future)
Time span: | 2026-02-23 - 2026-09-20 |
Go to timetable
MO TU WYK
W TH FR |
Type of class: |
Lecture, 8 hours
|
|
Coordinators: | Jarosław Tyburski | |
Group instructors: | Jarosław Tyburski | |
Students list: | (inaccessible to you) | |
Credit: | Grading |
Copyright by Nicolaus Copernicus University in Torun.