Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu - Centralny punkt logowaniaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Metody analizy wysokocząsteczkowych kwasów nukleinowych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 2600-DM-MWK-1-S2 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Metody analizy wysokocząsteczkowych kwasów nukleinowych
Jednostka: Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych
Grupy: Przedmioty z polskim językiem wykładowym
Punkty ECTS i inne: 4.00
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

Student posiada podstawową wiedzę z zakresu biochemii, genetyki oraz biologii komórki

Rodzaj przedmiotu:

przedmiot obowiązkowy

Całkowity nakład pracy studenta:

Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (26 godz.):

- udział w wykładach - 8 godz.

- udział w ćwiczeniach laboratoryjnych - 18 godz.


Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (44 godz.):

- przygotowanie do zajęć laboratoryjnych - 15 godz.

- przygotowanie do kolokwiów - 25 godz.

- konsultacje z nauczycielem - 4 godz.


Łącznie: 70 godz. - 3 pkt. ECTS


Efekty uczenia się - wiedza:

W1 posiada pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą technik biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w badaniach oraz do celów diagnostycznych - K_W01

W2: posiada wiedzę z zakresu markerów molekularnych wykorzystywanych do badań i analiz diagnostycznych - K_W04

W3: zna metody używane do analizy struktury i funkcji komórek i badania struktury DNA, RNA i białek - K_W06

W4: posiada pogłębioną wiedzę z dyscyplin kierunkowych umożliwiającą pracę badawczą i działania praktyczne w zakresie diagnostyki molekularnej - K_W19

Efekty uczenia się - umiejętności:

U1: wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł, zwłaszcza kwasów nukleinowych, do przeprowadzenia technik molekularnych wykorzystywanych w badaniach, w tym w analizach diagnostycznych - K_U04

U2: proponuje i stosuje właściwe metody identyfikacji biomolekuł oraz techniki badania ich struktury i aktywności - K_U05

U3 potrafi wykorzystać wiedzę dotyczącą możliwości i ograniczeń technik stosowanych podczas ekstrakcji kwasów nukleinowych - K_U11

U4 posługuje się terminologią specjalistyczną z zakresu biotechnologii, genetyki, biologii molekularnej i inżynierii genetycznej- K_U13

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:

K1: jest odpowiedzialny i zdeterminowany w dążeniu do osiągania celu przestrzegając zasad dobrych praktyk laboratoryjnych, norm i procedur - K_K02

K2: potrafi pracować w zespole, zarówno kierując i koordynując działania zespołu, jak i wykonując powierzone zadania - K_K09

K3: krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania

działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy - K_K10


Metody dydaktyczne:

Metody dydaktyczne podające:

- wykład informacyjny z prezentacjami multimedialnymi


Metody dydaktyczne poszukujące:

- ćwiczenia laboratoryjne: wstęp teoretyczny - prezentacja multimedialna, dyskusja. Cześć praktyczna - wykonywanie omówionych technik zgodnie z przygotowanymi instrukcjami w zespołach 2 lub 4 osobowych, niekiedy dla całej grupy, stosowany jest pokaz. Wykonywane przez studentów eksperymenty nadzorowane są przez prowadzącego zajęcia. Zajęcia odbywają się w 8-12 -osobowych grupach z uwagi na bezpieczeństwo i higienę pracy (m.in. szkodliwe odczynniki chemiczne) oraz aparaturę badawczą oraz możliwość pełnego korzystania przez studentów ze specjalistycznego sprzętu obecnego w laboratorium.


Metody dydaktyczne eksponujące:

- pokaz

Metody dydaktyczne podające:

- opis
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład problemowy

Metody dydaktyczne poszukujące:

- doświadczeń
- laboratoryjna
- obserwacji
- seminaryjna

Metody dydaktyczne w kształceniu online:

- metody oparte na współpracy
- metody służące prezentacji treści

Skrócony opis:

Celem przedmiotu jest zapoznanie studentów z różnorodnymi technikami analizy wysokocząsteczkowych kwasów nukleinowych oraz ich zastosowaniem w badaniach molekularnych, w tym w diagnostyce molekularnej.

Pełny opis:

Treści programowe wykładów będą dotyczyć: sposobów rozpatrywania genomu na poziomach: molekularnym, komórkowym, osobniczym i gatunkowym co jest ważne z punktu zastosowania analiz genomu w biotechnologii i diagnostyce molekularnej. Omówione będą metody sekwencjonowania, szczególnie tzw. Next-Generation-Sequencing (NGS) i jego znaczenie dla hodowli roślin, genetyki i biotechnologii. Szczególnie poruszane będą zagadnienia dotyczące zastosowania NGS do genotypowania form rodzicielskich populacji mapujących w celu konstruowania markerów molekularnych SSR, SNP, przydatnych do konstruowania mp genetycznych, identyfikacji QTL. Zdefiniowane będzie pojęcie metagenomu, transkryptomów i proteomów oraz omówione będą sposoby ich analizy. Zaprezentowane będą metody analizy badania metylacji materiału genetycznego i ich wykorzystania w diagnostyce oraz metody badania interakcji kwasów nukleinowych z białkami.

Literatura:

1. L.A. Allison, 2009, Podstawy biologii molekularnej. Wydawnictwo Uniwersytetu warszawskiego, 2009;

2. M. Esteller, 2004, DNA Methylation: Approaches, Methods, and Applications, wydawnictwo CRC Press; 1 edition

3. S.R. Head, P. Ordoukhanian, D.R. Salomon, 2018, Next Generation Sequencing.

Methods and Protocols, wydawnictwo Springer Sciences

Metody i kryteria oceniania:

Metoda oceniania:

Zaliczenie na ocenę (test końcowy) - K_W01, K_W04, K_W06, K_W19, aktywność w trakcie zajęć - K_K02, K_K09, K_K03

Kryteria oceniania:

- co najmniej 80% frekwencja na zajęciach

- wymagany próg (zaliczenie końcowe):

60% - dostateczny

61-68% - dostateczny plus

69-76% - dobry

77-84% - dobry plus

85-100% - bardzo dobry

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/19" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-02-24
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Grażyna Dąbrowska
Prowadzący grup: Justyna Boniecka, Grażyna Dąbrowska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/20" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-02-28
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Grażyna Dąbrowska
Prowadzący grup: Justyna Boniecka, Grażyna Dąbrowska, Agnieszka Richert
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2020-10-01 - 2021-02-28
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 20 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Grażyna Dąbrowska
Prowadzący grup: Justyna Boniecka, Grażyna Dąbrowska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.