Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu - Centralny punkt logowania
Strona główna

Identyfikacja i taksonomia mikroorganizmów

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 2600-MK-ITMBIOL-1-S2
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0511) Biologia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Identyfikacja i taksonomia mikroorganizmów
Jednostka: Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 5.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

Znajomość mikrobiologii ogólnej i podstaw genetyki

Rodzaj przedmiotu:

przedmiot obowiązkowy

Całkowity nakład pracy studenta:

Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (52 godz.):

- udział w wykładach – 10 h

- udział w ćwiczeniach - 30 h

- konsultacje - 12 h

Czas poświęcony na pracę indywidualna studenta (73 godz.) :

- praca własna studenta - 30 h

- praca zaliczeniowa (opracowanie) - 23 h

- kolokwia zaliczeniowe na ćwiczeniach - 20 h

Łącznie: 125 godzin

Efekty uczenia się - wiedza:

W1: Posiada zaawansowaną oraz aktualną wiedzę z zakresu metod wykorzystywanych do identyfikacji mikroorganizmów - K_W01

W2: Wskazuje odpowiednie metody biochemiczne, biofizyczne, biologii molekularnej i immunologiczne oraz procedury badawcze mikroorganizmów stosowane w celu identyfikacji taksonów - K_W03

W3: Opisuje różnorodność struktury i funkcji organizmów – K_W04

W4: Ma wiedzę z zakresu metod biologii molekularnej umożliwiającą ocenę materiału mikrobiologicznego – K_W09

W5: Posiada aktualną wiedzę z zakresu biochemii, genetyki, mikrobiologii i immunologii wykorzystywaną w badaniach identyfikacji drobnoustrojów - K_W10


Efekty uczenia się - umiejętności:

U1: Wykorzystuje wiedzę z zakresu bakteriologii, mykologii, biochemii, immunologii, i biologii molekularnej w analizie mikroorganizmów - K_U02

U2: Stosuje zaawansowane techniki analityczne wykorzystywane w identyfikacji mikroorganizmów - K_U03

U3: Wykorzystuje komputer w zakresie koniecznym do wyszukiwania i wykorzystywania baz danych, analizy sekwencji nukleotydowych, sporządzania analiz, tworzenia drzew filogenetycznych i prezentacji wyników - K_U04

U4: Dokonuje analiz i pomiarów, interpretuje uzyskane wyniki, i na ich podstawie opracowuje i prezentuje poprawne wnioski - K_U07

U5: Korzysta z informacji źródłowych w języku polskim i angielskim, wykonuje analizę, syntezę, podsumowuje i dokonuje krytycznej oceny uzyskanych wyników, co umożliwia poprawne wnioskowanie - K_U08

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne:

K1: Rozumie potrzebę ustawicznego pogłębiania i aktualizowania wiedzy z zakresu metod identyfikacji mikroorganizmów z wykorzystaniem czasopism naukowych, portali i baz danych naukowych.- K_K01

K2: Racjonalnie i krytycznie ocenia informacje pozyskane z literatury i internetu w celu poprawnej identyfikacji mikroorganizmów oraz analizy filogenetycznej - K_K03

K3: Jest krytyczny w odniesieniu do wyników swojej pracy- K_K05

K4: Wykazuje zrozumienie w odniesieniu do wykorzystywania metod informatycznych w opracowaniu i prezentacji wyników i analiz - K_K07

K5: Jest odpowiedzialny za sprzęt, urządzenia, materiał biologiczny oraz pracę własną i innych - K_K09

Metody dydaktyczne:

wykład – prezentacja multimedialna

Ćwiczenia laboratoryjne, praca przy komputerach – analiza danych


Skrócony opis:

Wykład zawiera wiadomości dotyczące współcześnie stosowanych metod identyfikacji mikroorganizmów, w oparciu o właściwości morfologiczne, fizjologiczne i biochemiczne, chemotaksonomiczne i genotypowe, umożliwiające określenie przynależności danego organizmu do odpowiedniej jednostki taksonomicznej. Wykład obejmuje wiadomości z zakresu tworzenia nowych taksonów i podstawy filogenezy.

Ćwiczenia mają charakter laboratoryjny, a dobór ćwiczeń ma dać studentowi podstawy do wykonywania niezbędnych analiz w przyszłej pracy w laboratorium mikrobiologicznym w zakresie identyfikacji mikroorganizmów wyizolowanych z różnych prób badanych.

Pełny opis:

Wykład:

Celem wykładów jest przedstawienie współcześnie stosowanych metod identyfikacji mikroorganizmów, zarówno bakterii jak i grzybów. Omówiona zostanie identyfikacja mikroorganizmów prokariotycznych w oparciu o metody konwencjonalne: morfologię, skład chemiczny ściany komórkowej, obecność inkluzji komórkowych, substancji zapasowych, zdolność do tworzenia pigmentów, klasyfikacja ze względu na sposób odżywiania. Omówione będą wymagania pokarmowe, zdolność do metabolizowania węglowodanów, związków azotu, skład ilościowy i jakościowy produktów fermentacji, stosunek do tlenu, zakres temperatur wzrostu oraz pH, wrażliwość na antybiotyki, typy serologiczne jako cechy wykorzystywane do identyfikacji bakterii. Poza metodami klasycznymi przedstawione zostaną metody biologii molekularnej do identyfikacji bakterii jak skład ilościowy kwasów nukleinowych, analiza sekwencji nukleotydowej genu 16S rRNA oraz homologia kwasów.

W ramach wykładów omówione zostaną kryteria klasyfikacji grzybów, zarówno drożdży jak i strzępkowych. Będzie omówiony sposób rozmnażania generatywnego/ wegetatywnego. U drożdży - cechy morfologiczne komórki, hodowlane na podłożach stałych i płynnych, tworzenie pigmentu, zdolność do tworzenia wegetatywnych spor oraz pseudogrzybni i grzybni, właściwości biochemiczne, budowa ściany komórkowej a także zawartość guaniny i cytozyny w DNA, homologia DNA i sekwencja genu 18S rRNA. Przedstawione będą metody identyfikacji grzybów strzępkowych w oparciu o cechy makroskopowe tworzonej grzybni, kształt konidioforu, sposób tworzenia konidiów i właściwości biochemiczne.

Wykład obejmuje także omówienie metod biofizycznych jak analiza produktów metabolizmu mikroorganizmów lub związków wchodzących w skład struktur komórkowych (analiza białek komórkowych i profili kwasów tłuszczowych) mikroorganizmów oraz metod immunologicznych opartych na specyficznej reakcji przeciwciała z antygenem.

Ćwiczenia:

Ćwiczenia obejmują zastosowanie różnych metod w celu identyfikacji wybranych mikroorganizmów. Prowadzona jest hodowla bakterii na podłożach selektywnych w celu ich wstępnej identyfikacji. Badane są właściwości morfologiczne, hodowlane a także tolerancja wobec inhibitorów wzrostu. Określane są właściwości biochemiczne mikroorganizmów metodami klasycznymi oraz za pomocą testów API i płytek BIOLOG oraz właściwości chemotaksonomiczne mikroorganizmów. W ramach ćwiczeń przeprowadzana jest identyfikacja w oparciu o analizę DNA, poprzedzona izolacją i amplifikacją kwasu nukleinowego. Prowadzona jest również analiza uzyskanych sekwencji z wykorzystaniem odpowiednich baz danych oraz analiza filogenetyczna z wykorzystaniem dedykowanego oprogramowania komputerowego w celu określenia pokrewieństwa między mikroorganizmami. Konstruowane i analizowane są drzewa filogenetyczne.

Literatura:

Z. Libudzisz i K. Kowal. Mikrobiologia techniczna. Politechnika Łódzka, 2012

M.K. Błaszczyk. Mikrobiologia Środowisk. PWN. 2010

Metody i kryteria oceniania:

Zaliczenie wykładu: opracowanie pisemne

Ćwiczenie – zaliczenie na ocenę (Kolokwium)

55-65% dostateczny, >65-75% dostateczny plus, >75-85% dobry, >85-95% dobry plus, >95% bardzo dobry

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/22" (zakończony)

Okres: 2022-02-21 - 2022-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Patrycja Golińska
Prowadzący grup: Patrycja Golińska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)

Okres: 2024-02-20 - 2024-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 10 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Patrycja Golińska
Prowadzący grup: Edyta Deja-Sikora, Patrycja Golińska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu.
ul. Jurija Gagarina 11, 87-100 Toruń tel: +48 56 611-40-10 https://usosweb.umk.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.2.0-1 (2024-03-12)