Zastosowanie metod bioinformatycznych w biologii

Podstawowa znajomość matematyki na poziomie szkoły średniej

przedmiot obowiązkowy

Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (32 godz.):

- udział w wykładach – 5 h

- udział w ćwiczeniach -15 h

- konsultacje - 12 h

Czas poświęcony na pracę indywidualna studenta (43 godz.) :

- praca własna studenta - 43 h

Łącznie: 75 godzin

- wykład informacyjny (konwencjonalny)

- laboratoryjna

- metody oparte na współpracy
- metody służące prezentacji treści

Przedmiot ma na celu nauczenie studentów korzystania z podstawowych narzędzi bioinformatycznych umozliwiających analizy przydatne w biologii środowiskowej.

Wykład:

- bazy danych biologicznych - gdzie można je znaleźć, rodzaje, jak je przeszukiwać (bazy relacyjne - przeszukiwanie przy pomocy słów kluczowych)

Ćwiczenia:

- Systemy NCBI i EMBL; przeszukiwanie przy pomocy słów kluczowych - konstrukcja zapytań: operatory logiczne, zakresy liczbowe, zapisywanie danych lokalnie

- Przeszukiwanie baz sekwencji - BLAST w systemie NCBI, podstawowe parametry i ich wpływ na wyniki przeszukwania; przypisywanie pozycji taksonomicznej i przypuszczalnej funkcji na podstawie wyników przeszukwania

- Konstrukcja alignmentów wielu sekwencji: program CLUSTAL; interpretacja alignmentów

- Konstrukcja drzew filogenetycznych: program PHYML; interpretacja drzew

- Projektowanie primerów do PCR: programy Primer3plus, OligoAnalyzer i NCBI PrimerBlast

- Analiza bibliotek fragmentów genu 16/18S rRNA: systemy SILVAngs i RDP

Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, , PWN, Warszawa, 2011